Человек - это сообщество микроорганизмов, какие-то попадают в него после рождения, какие-то могут передаться от матери (в утробе). Это и есть микробиом.
И это сообщество на сегодняшний день досконально не изучено, поэтому говорить, что ни один из микробов не может так быстро распространяться по тканям - ошибочно.
Агент "не микробиологической" природы - что вы имеете в виду? Объясните.
Триггер - это то, что запускает этот патоген/микроб. Что именно является триггером - неизвестно. Вирус, бактерия, простейшие или гриб.