Перейти к публикации
Форум химиков на XuMuK.ru
Eridu

"Молекулярные отпечатки пальцев" биологически активных соединений

Рекомендованные сообщения

Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь  программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? 

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

На чем Вы эти отпечатки печатать хотите? Какой метод обнаружения? Хроматография? ЯМР? ИК-спектроскопия? У Вас там в органах обычно собачки используются, они сразу все находют!

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь  программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ?

ИК-спектрометр вам в руки и коллекцию биологически активных веществ и снимайте, снимайте, снимайте спектры, а "отпечатки пальцев" старый жаргонизм ИК-спектральщиков

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь  программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? 

 

 

ИК-спектрометр вам в руки и коллекцию биологически активных веществ и снимайте, снимайте, снимайте спектры, а "отпечатки пальцев" старый жаргонизм ИК-спектральщиков

 

Топикстартеру требуется куда больше, чем вы предлагаете. Он хочет нарисовать структуру (в чемскетче) и получить на выходе "отпечатки пальцев" ниже 700 обратных сантиметров.

Я тоже хочу такую программу! Ещё хочу, шоб ЯМР рисовала, и УФ, и вообще - хочу центрифугу, как в сериале "След" - шоб сразу, и элементный, и функциональный анализ, и - структуру, сука, шоб сразу давала. Мечта у меня такая.  :rolleyes:

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Я имею ввиду не область "молекулярных отпечатков пальцев"  в ИК-спектрах соединений , а молекулярные скрины, т,е.  так называемые  бинарные фрагментные дескрипторы  -показывающие содержится ли данный фрагмент ( подструктура) в структурной формуле т.е. содержится ли  данный подграф в молекулярном графе описывающем данное соединение.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Вы хотите сказать функциональная группа? или что то еще? Фрагментом структуры алкана можно считать любой радикал, который можно выделить из его структуры. и вам нужен спектр с дескрипторами ко всем возможным радикалам например алкана С22Н46?

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Вы хотите сказать функциональная группа? или что то еще? Фрагментом структуры алкана можно считать любой радикал, который можно выделить из его структуры. и вам нужен спектр с дескрипторами ко всем возможным радикалам например алкана С22Н46?

Нет. Имеется ввиду не функциональная группа, а именно наличие того или иного подгарфа в исходном графе того или иного соединения. В данном случае используются методы теории графов. К спектральным методам анализа это не имеет никакого отношения. Понятие " молекулярных отпечатков пальцев" относится к хемоинформатике, где и  используется в  сравнительном  анализе структуры  биологически активных соединений На основании данных, полученных при подобном анализе рассчитывается  коэффициент Танимото( коэффициент структурного подобия).

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Нет. Имеется ввиду не функциональная группа, а именно наличие того или иного подгарфа в исходном графе того или иного соединения. В данном случае используются методы теории графов. К спектральным методам анализа это не имеет никакого отношения. Понятие " молекулярных отпечатков пальцев" относится к хемоинформатике, где и  используется в  сравнительном  анализе структуры  биологически активных соединений На основании данных, полученных при подобном анализе рассчитывается  коэффициент Танимото( коэффициент структурного подобия).

А глазами на структуру поглядеть сложно?

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

А глазами на структуру поглядеть сложно?

На глаз определить ничего невозможно при фармакофорном поиске ( где и применяется метод "молекулярных отпечатков пальцев", т.к. исходные соединения могут очень сильно отличаться друг от друга( например, относиться к разным классам органических соединений), но иметь схожие геометрические параметры, определяемые через нахождение погдрафов  в молекулярных графах сравниваемых соединений. Кроме того, на основании молекулярного графа составляются топологические инварианты(индескы), которые также позволяют упростить поиск по базе структур  веществ обладающих схожей биологической активностью.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь  программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? 

Да, есть такое. К нам в лаб на тестирование устанавливали такое ПО. Не прижилось, стереохимию оно не учитывает, но не прижилось из-за не полезности. Обычно поступаем иначе. Синтезируем или выделяем соединение лидер, навешиваем на него различные группы, затем решая матричное уровненные строим корреляции многочлена дескрипторов - биологическая активность. Исходя из установленной закономерности подбираем соединение с нужными значениями дескрипторов.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Присоединяйтесь к обсуждению

Вы можете опубликовать сообщение сейчас, а зарегистрироваться позже. Если у вас есть аккаунт, войдите в него для написания от своего имени.
Примечание: вашему сообщению потребуется утверждение модератора, прежде чем оно станет доступным.

Гость
Ответить в тему...

×   Вставлено в виде отформатированного текста.   Вставить в виде обычного текста

  Разрешено не более 75 эмодзи.

×   Ваша ссылка была автоматически встроена.   Отобразить как ссылку

×   Ваш предыдущий контент был восстановлен.   Очистить редактор

×   Вы не можете вставить изображения напрямую. Загрузите или вставьте изображения по ссылке.

Загрузка...

  • Сейчас на странице   0 пользователей

    Нет пользователей, просматривающих эту страницу.

×
×
  • Создать...