Перейти к содержимому
Форум химиков на XuMuK.ru
  • Сейчас на странице   0 пользователей

    Нет пользователей, просматривающих эту страницу

genseq

Синтез метилазидных линкеров для модификации dNTP

Рекомендуемые сообщения

В этом году в США стартовала программа, нацеленная на секвенирование миллиона геномов американцев, а в Китае собираются "замутить" проект по секвенированию ста миллионов Китайцев. Причём во всех подобных проектах используется флуоресцентная технология компании Illumina, основанная на синтетических дНТФ с флуорофорами, присоединёнными к основаниям через азид-содержащий линкер, да ещё и с метилазидной блокировкой 3'-OH группы у дезоксирибозы. С непривычки звучит страшновато, но если посмотрите в патентах способы синтеза азидных линкеров, то станет ещё страшнее.

 

Для России секвенирование народонаселения является непозволительной роскошью из-за дороговизны расходных реагентов, т.е. этих самых модифицированных дНТФ. Модифицировать нуклеотиды способны 3...4 группы отечественных химиков, но для начала было бы неплохо освоить синтез азидных линкеров. Причём главное в этом деле не столько синтез требуемого соединения, сколько разработка простейшего варианта его синтеза. Или даже просто теоретическая проработка этого вопроса (показывающая, что "не так страшен чёрт, как его малюют").

post-1229-0-50006200-1472458236_thumb.jpg

На рисунке показана общая структура модифицированного дНТФ. Выделены азидные группы, восстановление которых (фосфинами, меркаптоэтанолом и т.п.) приводит к удалению флуорофора и высвобождению блокированного 3'-OH конца дезоксирибозы.

Посадить на 3'-конец метилазидный блокатор (AZM) не слишком сложно. Это было освоено ещё в прошлом веке Завгородним (ИБХ РАН). Не меченые трифосфаты такого типа даже имеются в продаже:

https://azcobiotech.com/reagents/pcr-sequencing-reagents/3-azm/

post-1229-0-73568900-1472460144_thumb.jpg

Есть в продаже и флуорофоры с различными функциональными группами, и аминоаллильные производные трифосфатов, к которым можно "пришивать" флуорофоры. А вот линкеры для такой пришивки отсутствуют.

Отсюда - вопрос: нельзя ли как-нибудь попроще синтезировать требуемые линкеры?

 

Сам в синтезах не разбираюсь, так что если что-то и придумаю, то, скорее всего, окажется глупостью.

Буду признателен за любые вопросы, предложения и соображения.  

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

А чем вам не по нраву методики описанные в патентах, номера которых указаны на рисунках соответствующих соединений?!

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Модифицировать нуклеотиды способны 3...4 группы отечественных химиков,

гы-гы!

делать подобного рода химию могут разные группы.

НО!

для такой работы требуются капитальные вложения.

и тут внимание самое главное - они уже известны! допустим х $.

спрашивают наших вы готовы это делать

да! цена 3-5х !

ответ

-нафик с пляжа!

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

А чем вам не по нраву методики описанные в патентах, номера которых указаны на рисунках соответствующих соединений?!

Наверное тем, что для меня такой синтез кажется слишком сложным. Насчитывает 6 стадий. И используется много реагентов, которые нельзя купить в аптеке.

 

Вот выписка из патента:

https://yadi.sk/i/aZSyg5L6uaFg8

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

в аптеке )))

Насчёт аптеки - это шутка. Но в каждой шутке есть только доля шутки. Например, для замещения брома азидом лучше использовать не азид натрия, а азид лития. Хотя литий можно добавить в качестве катализатора реакции к натриевой соли. Наверное, подойдёт и карбонат лития, который в аптеках имеется. Там же есть и йодоформ. Его-то уж точно проще всего купить в аптеке. Если заместить один атом йода азидом, а второй - молочной кислотой (тоже продаётся в аптеках), то останется что-то придумать с третьим. Или использовать его напрямую для соединения с торчащим из основания аллиламином. Правда, флуорофор придётся "навешивать" через карбоксильную группу, но это не самая сложная задача. Проблема в том, что линкер должен быть длинным и гибким. Т.е. желательно встроить в него не меньше двух молекул этиленгликоля. А лучше диэтиленгликоля.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Насчёт аптеки - это шутка. Но в каждой шутке есть только доля шутки. Например, для замещения брома азидом лучше использовать не азид натрия, а азид лития. Хотя литий можно добавить в качестве катализатора реакции к натриевой соли. Наверное, подойдёт и карбонат лития, который в аптеках имеется. Там же есть и йодоформ. Его-то уж точно проще всего купить в аптеке. Если заместить один атом йода азидом, а второй - молочной кислотой (тоже продаётся в аптеках), то останется что-то придумать с третьим. Или использовать его напрямую для соединения с торчащим из основания аллиламином. Правда, флуорофор придётся "навешивать" через карбоксильную группу, но это не самая сложная задача. Проблема в том, что линкер должен быть длинным и гибким. Т.е. желательно встроить в него не меньше двух молекул этиленгликоля. А лучше диэтиленгликоля.

а можно про азид лития по подробнее, где о таком пишут?

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

genseq, ответьте пожалуйста на мое письмо которое я отправил Вам в ЛС

Извините, не получал. Да и оповещения об ответах в этой теме что-то не приходят. Наверное, не разобрался с настройками и что-то напутал. 

Напишите ещё раз напрямую - genseq(at)mail.ru

а можно про азид лития по подробнее, где о таком пишут?

Например, здесь. Правда, Иллюминовцы в синтезах литий не упоминают. Используют натриевую соль.

zavgorodny2000.pdf

 

Кстати, о синтезе азидных линкеров. Наука не стоит на месте:

Iodine-Catalyzed Three-Component Reaction_2009.pdf

Похоже, можно уложиться в одну стадию, если использовать катализируемую йодом трёхкомпонентную реакцию этиленгликоля (спирт), глутарового альдегида и триметилсилилазида в дихлорметане (с избытком альдегида). А концевые альдегидные группы окислить до карбоксильных добавлением водного раствора карбоната натрия (т.е. использовать для окисления имеющийся там йод с переводом продуктов в водную фазу). И очистить от глутаровой кислоты и прочих примесей хроматографией.

 

Что скажут специалисты?

Изменено пользователем genseq

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Создайте аккаунт или войдите в него для комментирования

Вы должны быть пользователем, чтобы оставить комментарий

Создать аккаунт

Зарегистрируйтесь для получения аккаунта. Это просто!

Зарегистрировать аккаунт

Войти

Уже зарегистрированы? Войдите здесь.

Войти сейчас

×