База данных РСА

[химик-философ]

Подскажите, пожалуйста, где и как посмотреть базу данных всех структур, установленных методом рентгеноструктурного анализа, для неорганических соединений?

[madschumacher]

Прям всех вообще? В англоязычной Вики есть статья, посвященная кристаллографическим банкам данных. В ней, в частности, есть ссылки на самые крупные, например, на ICSD, COD, AMCSD. Но, некоторые из них платные, т.е. у Вашей научной организации должнен быть куплен доступ к этим базам данным (как, например, в случае ICSD). У нас было так: в библиотеке был зал, в котором стояли компьютеры, с которых можно было рыться, например, в CSD. Там был установлен соответствующий софт, и с их IPшников был открыт доступ к данной кристаллографическому банку структур.

При этом обратите внимание, что некоторые структуры могут присутствовать сразу в нескольких базах данных, а некоторые могут присутствовать только в одной. Универсальной базы данных, среди приведённых, нет, поэтому Вы могли бы уточнить интересующий Вас вопрос.

[химик-философ]

Спасибо за ссылки.

Интересуют анионные комплексы палладия, с органическим фрагментом. Хочу понять в каких случаях органический фрагмент работает как лиганд, а в каких как катион; а так же какие структуры уже известны. В Кембриджской базе данных не нашел, так только орг., быть может это среди неорг?

[madschumacher]

Ну Вы посмотрите на COD (она открытая и с достаточно простым поиском). Там, вроде, и элементорганика и чистая неорганика есть. Может, что найдете.

А как Вы понимаете, что окружение Pd -- это лиганд или катион. Имхо, без карт электронной плотности и Бейдеровского анализа зарядов и связей сказать сложно...

[химик-философ]

Ну Вы посмотрите на COD (она открытая и с достаточно простым поиском). Там, вроде, и элементорганика и чистая неорганика есть. Может, что найдете.

А как Вы понимаете, что окружение Pd -- это лиганд или катион. Имхо, без карт электронной плотности и Бейдеровского анализа зарядов и связей сказать сложно...

Она только простые структуры принимает. Рисую структуру с пиридином, выдает ошибку.

Нарисована ковалентная связь - лиганд. Не нарисована - катион.

Похоже тужа не все введено. Комплексы Кукушкина не выдает.

[madschumacher]

Она только простые структуры принимает. Рисую структуру с пиридином, выдает ошибку.

Ну можно вручную как-то поотбирать структуры (скажем, поэлементно). Организация поиска -- тоже весьма нетривиальная химическая задача, а это волонтёрский научный продукт, поэтому многое может уступать крупным академическим организациям.

 

Нарисована ковалентная связь - лиганд. Не нарисована - катион.

Эта связь в просмотрщиках, строго говоря, не имеет физического смысла. Как Вам известно, связь рисуется в них, если расстояние между двумя атомами меньше суммы их атомных радиусов (например, этих), домноженных на некую константу (обычно по дефолту это 1.1-1.2). Её можно подкручивать в зависимости от пожеланий левой пятки правой ноги. Поэтому, будте аккуратнее с таким определением.

Похоже тужа не все введено. Комплексы Кукушкина не выдает.

COD наполняется на свободной основе (т.е. люди делают структуру, а после присылают её сами туда для включения). Поэтому, да, Вы правы, там много чего нет.

Изменено 8 Ноября, 2016 в 08:25 пользователем madschumacher

[фосолиф-кимих]

Вещество  внезапно закристаллизовалось в виде крупных шаров(!). ЯМР подтвердил чистоту и соответствие предполагаемой структуре. Можно ли с такой странной формы кристаллов снимать РСА?

[Леша гальваник]

2 часа назад, фосолиф-кимих сказал:

Вещество  внезапно закристаллизовалось в виде крупных шаров(!). ЯМР подтвердил чистоту и соответствие предполагаемой структуре. Можно ли с такой странной формы кристаллов снимать РСА?

Имхо, при такой форме - это врядли монокристалл. Т.е. - все равно дробить и растирать (если планируется просто подтвердить кристаллическую структуру методом порошка) или дробить и отбирать монокристальчик.

Часто, они для РСА могут быть настолько мелкие, что на кончике капилляра-иголки, чтобы разглядеть надо глаза напрягать.