Нестандартные нуклеотиды

[Три рубля]

Здравствуйте! Я попытался составить комплементарную пару нуклеотидов с тремя водородными связями, так, чтобы все три электроотрицательных атома связи оказались на одном, а все три водородных — на другом нуклеотиде. Со стандартной парой пурин-пиримидин ничего не получилось, не хватило валентности (то есть, можно, конечно, добавить фтор, он много места не занимает, но хотелось бы обойтись Большой Органической Четвёркой), поэтому пришлось брать пару метоксазин-пирролпиримидин. Вышло вот что:

 

 

Нарисовал, наверное, излишне размашисто, зато понятно. Только вот смотрю я на получившийся 2,6-оксиметоксазин, и гложет меня подозрение, что три атома кислорода с одного боку — не очень хорошо для стабильности молекулы, оттянут слишком много электронной плотности. Вопрос такой: как эту электронную плотность посчитать и насколько стабилен 2,6-оксиметоксазин.

[yatcheh]

Здравствуйте! Я попытался составить комплементарную пару нуклеотидов с тремя водородными связями, так, чтобы все три электроотрицательных атома связи оказались на одном, а все три водородных — на другом нуклеотиде. Со стандартной парой пурин-пиримидин ничего не получилось, не хватило валентности (то есть, можно, конечно, добавить фтор, он много места не занимает, но хотелось бы обойтись Большой Органической Четвёркой), поэтому пришлось брать пару метоксазин-пирролпиримидин. Вышло вот что:

 

 

Нарисовал, наверное, излишне размашисто, зато понятно. Только вот смотрю я на получившийся 2,6-оксиметоксазин, и гложет меня подозрение, что три атома кислорода с одного боку — не очень хорошо для стабильности молекулы, оттянут слишком много электронной плотности. Вопрос такой: как эту электронную плотность посчитать и насколько стабилен 2,6-оксиметоксазин.

 

Ну, так поменяй центральный кислород на азот. Какая хрен разница для ВС? А молекула будет куда как кошерная. 

А в таком виде у тебя этот ангидрид не водородно свяжется, а тупо проацилирует азотистое основание. Ангидрид - он и в цикле ангидрид.

Изменено 2 Марта, 2017 в 19:00 пользователем yatcheh

[Тот Самый 1]

Тот считает, что у вас проблема с другим лигандом тоже. Его циклы не ароматичны, что делает верхнюю аминогруппу енаминовой, а так же азот шестичленного цикла вторичным енамином. Водород с азота шестичленного цикла мигрирует в узловое положение, а потом на азот пятичленного цикла, так оба цикла обретят ароматическую стабилизацию.

[Три рубля]

 

этот ангидрид

...и впрямь ангидрид. Блин.

 

 

Ну, так поменяй центральный кислород на азот.

Не выйдет.

 

 

 

Тот считает, что у вас проблема с другим лигандом тоже. Его циклы не ароматичны, что делает верхнюю аминогруппу енаминовой, а так же азот шестичленного цикла вторичным енамином. Водород с азота шестичленного цикла мигрирует в узловое положение, а потом на азот пятичленного цикла, так оба цикла обретят ароматическую стабилизацию.

И что в итоге получится?

[Тот Самый 1]

..

 

И что в итоге получится?

5Н-пироло[3,2-d]пиримидин-2,4-диамин. 

Если проигнорировать углеводный фрагмент в седьмом положении.

[Три рубля]

Так?

 

[Тот Самый 1]

Да.

[yatcheh]

Так?

 

 

Вот! Теперь у тебя есть в молекуле два донора ВС и один акцептор. Теперь ему компелементарно придётся в самый раз тот имид, который ты отвергнул. Кто сказал, что азотистое основание должно быть непременно донором протона? А тут получится красивая молекула с чередующимися туда-сюда водородными связями. NH между двумя карбонилами - хороший донор протона в ВС.

[Три рубля]

Ну и выходит вариация на тему тимин-диаминопурин. Мне-то нужно как раз три акцептора на одном, и три донора на другом нуклеотиде. Четвёртый вариант взаимодействия при трёх ВС. Потому что у нас есть:

 

+ -

- +

- +  — цитозин-гуанин

 

- +

+ -

- +  — тимин-диаминопурин

 

- +

- +

+ -  — изоцитозин-изогуанин.

 

А мне нужен

 

+ -

+ -

+ -

Изменено 3 Марта, 2017 в 18:43 пользователем Три рубля