Перейти к публикации
Форум химиков на XuMuK.ru
Три рубля

Нестандартные нуклеотиды

Рекомендованные сообщения

Здравствуйте! Я попытался составить комплементарную пару нуклеотидов с тремя водородными связями, так, чтобы все три электроотрицательных атома связи оказались на одном, а все три водородных — на другом нуклеотиде. Со стандартной парой пурин-пиримидин ничего не получилось, не хватило валентности (то есть, можно, конечно, добавить фтор, он много места не занимает, но хотелось бы обойтись Большой Органической Четвёркой), поэтому пришлось брать пару метоксазин-пирролпиримидин. Вышло вот что:

 

13106715.png

 

Нарисовал, наверное, излишне размашисто, зато понятно. Только вот смотрю я на получившийся 2,6-оксиметоксазин, и гложет меня подозрение, что три атома кислорода с одного боку — не очень хорошо для стабильности молекулы, оттянут слишком много электронной плотности. Вопрос такой: как эту электронную плотность посчитать и насколько стабилен 2,6-оксиметоксазин.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Здравствуйте! Я попытался составить комплементарную пару нуклеотидов с тремя водородными связями, так, чтобы все три электроотрицательных атома связи оказались на одном, а все три водородных — на другом нуклеотиде. Со стандартной парой пурин-пиримидин ничего не получилось, не хватило валентности (то есть, можно, конечно, добавить фтор, он много места не занимает, но хотелось бы обойтись Большой Органической Четвёркой), поэтому пришлось брать пару метоксазин-пирролпиримидин. Вышло вот что:

 

13106715.png

 

Нарисовал, наверное, излишне размашисто, зато понятно. Только вот смотрю я на получившийся 2,6-оксиметоксазин, и гложет меня подозрение, что три атома кислорода с одного боку — не очень хорошо для стабильности молекулы, оттянут слишком много электронной плотности. Вопрос такой: как эту электронную плотность посчитать и насколько стабилен 2,6-оксиметоксазин.

 

Ну, так поменяй центральный кислород на азот. Какая хрен разница для ВС? А молекула будет куда как кошерная. 

А в таком виде у тебя этот ангидрид не водородно свяжется, а тупо проацилирует азотистое основание. Ангидрид - он и в цикле ангидрид.

Изменено пользователем yatcheh

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Тот считает, что у вас проблема с другим лигандом тоже. Его циклы не ароматичны, что делает верхнюю аминогруппу енаминовой, а так же азот шестичленного цикла вторичным енамином. Водород с азота шестичленного цикла мигрирует в узловое положение, а потом на азот пятичленного цикла, так оба цикла обретят ароматическую стабилизацию.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

 

этот ангидрид

...и впрямь ангидрид. Блин.

 

 

Ну, так поменяй центральный кислород на азот.

Не выйдет.

 

13136284.png

 

 

Тот считает, что у вас проблема с другим лигандом тоже. Его циклы не ароматичны, что делает верхнюю аминогруппу енаминовой, а так же азот шестичленного цикла вторичным енамином. Водород с азота шестичленного цикла мигрирует в узловое положение, а потом на азот пятичленного цикла, так оба цикла обретят ароматическую стабилизацию.

И что в итоге получится?

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Так?

 

13107678.png

 

Вот! Теперь у тебя есть в молекуле два донора ВС и один акцептор. Теперь ему компелементарно придётся в самый раз тот имид, который ты отвергнул. Кто сказал, что азотистое основание должно быть непременно донором протона? А тут получится красивая молекула с чередующимися туда-сюда водородными связями. NH между двумя карбонилами - хороший донор протона в ВС.

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Ну и выходит вариация на тему тимин-диаминопурин. Мне-то нужно как раз три акцептора на одном, и три донора на другом нуклеотиде. Четвёртый вариант взаимодействия при трёх ВС. Потому что у нас есть:

 

+ -

- +

- +  — цитозин-гуанин

 

- +

+ -

- +  — тимин-диаминопурин

 

- +

- +

+ -  — изоцитозин-изогуанин.

 

А мне нужен

 

+ -

+ -

+ -

Изменено пользователем Три рубля

Поделиться сообщением


Ссылка на сообщение

Присоединяйтесь к обсуждению

Вы можете опубликовать сообщение сейчас, а зарегистрироваться позже. Если у вас есть аккаунт, войдите в него для написания от своего имени.
Примечание: вашему сообщению потребуется утверждение модератора, прежде чем оно станет доступным.

Гость
Ответить в тему...

×   Вставлено в виде отформатированного текста.   Вставить в виде обычного текста

  Разрешено не более 75 эмодзи.

×   Ваша ссылка была автоматически встроена.   Отобразить как ссылку

×   Ваш предыдущий контент был восстановлен.   Очистить редактор

×   Вы не можете вставить изображения напрямую. Загрузите или вставьте изображения по ссылке.

Загрузка...

  • Сейчас на странице   0 пользователей

    Нет пользователей, просматривающих эту страницу.

×
×
  • Создать...