Получение параметров взаимодействия между атомами H2 и С6H6

[mishacat]

Задача: Необходимо получить параметры взаимодействия между атомами бензола и H2 для уравнения несвязанного взаимодействия Морзе.

Результаты расчётов, которые я хочу воспроизвести лежат здесь: http://onlinelibrary.wiley.com/store/10.1002/anie.200900960/asset/supinfo/anie_200900960_sm_miscellaneous_information.pdf?v=122691583

 

Я легко воспроизвел результаты взаимодействия между H2 и С6H6, представленные в Table S2 'The first-principles and Morse force field (eq.1)...',

но вообще не знаю как получить Van der Waals force field параметры между АТОМАМИ H2 и С6H6, указанные в Table S4

Расчёты произвожу в ОRCА.

 

Подскажите, пожалуйста, как получить эти параметры

[aversun]

Задача: Необходимо получить параметры взаимодействия между атомами бензола и H2 для уравнения несвязанного взаимодействия Морзе.

Результаты расчётов, которые я хочу воспроизвести лежат здесь: http://onlinelibrary...pdf?v=122691583

Я легко воспроизвел результаты взаимодействия между H2 и С6H6, представленные в Table S2 'The first-principles and Morse force field (eq.1)...',

но вообще не знаю как получить Van der Waals force field параметры между АТОМАМИ H2 и С6H6, указанные в Table S4

Расчёты произвожу в ОRCА.

Подскажите, пожалуйста, как получить эти параметры

 

Атомы бензола? - это что то новое в химии. А сыслка ваша пишет:

Forbidden

You don't have permission to access

Изменено 3 Мая, 2011 в 11:03 пользователем aversun

[mishacat]

Сайт "пережёвывает" ссылку и делает её битой, поэтому файл пришлось прицепить.SI_Lithium-Doped_3D_Covalent_Organic_Frameworks_High-Capacity.pdf

 

про атомы бензола:

Молекула бензола состоит из атомов углерода и водорода: C6H6.

[aversun]

про атомы бензола:

Молекула бензола состоит из атомов углерода и водорода: C6H6.

Это прекрасно известно со времен Августа Кеккуле и даже раньше. Неизвестно про упоминаемые вами атомы бензола.

А ссылка ваша не работала только потому, что в ход на данный сайт требует авторизации.

[arkansas]

Задача: Необходимо получить параметры взаимодействия между атомами бензола и H2 для уравнения несвязанного взаимодействия Морзе.

Результаты расчётов, которые я хочу воспроизвести лежат здесь:

...

Я легко воспроизвел результаты взаимодействия между H2 и С6H6, представленные в Table S2 'The first-principles and Morse force field (eq.1)...',

но вообще не знаю как получить Van der Waals force field параметры между АТОМАМИ H2 и С6H6, указанные в Table S4

Расчёты произвожу в ОRCА.

Подскажите, пожалуйста, как получить эти параметры

Насколько я себе представляю, надо фиксировать геометрию, так чтобы вклад всех остальных атомов, кроме нужных, оставались постоянными, и считать энергию для разных межатомных расстояний. Потом апроксимировать функцией Морзе-потенциала и вытаскивать его параметры. Или проблема в чем-то другом?

[mishacat]

Насколько я себе представляю, надо фиксировать геометрию, так чтобы вклад всех остальных атомов, кроме нужных, оставались постоянными, и считать энергию для разных межатомных расстояний. Потом апроксимировать функцией Морзе-потенциала и вытаскивать его параметры. Или проблема в чем-то другом?

 

Понял. Спасибо за ответ. Могу ли я для фиксации атомов использовать процедуру constraint ?

[arkansas]

Понял. Спасибо за ответ. Могу ли я для фиксации атомов использовать процедуру constraint ?

Не знаю. С программой не работал. Если фиксировать постоянные расстояния покажется невероятно сложно, как вариант, можно было бы предложить считать энергетику произвольно фиксированной геометрии, а затем делать фиттинг функцией из n(n-1)/2 потенциалов Морзе, где n - число атомов в системе. Параметры для однотипных пар атомов при этом будут равными. Для нескольких конфигураций находить среднее и смотреть, насколько разумно будет стандартное отклонение для адекватного описания ван-дер-ваальсовых сил с помощью этого потенциала.

Изменено 10 Мая, 2011 в 15:26 пользователем arkansas

[mishacat]

Не знаю. С программой не работал. Если фиксировать постоянные расстояния покажется невероятно сложно, как вариант, можно было бы предложить считать энергетику произвольно фиксированной геометрии, а затем делать фиттинг функцией из n(n-1)/2 потенциалов Морзе, где n - число атомов в системе. Параметры для однотипных пар атомов при этом будут равными. Для нескольких конфигураций находить среднее и смотреть, насколько разумно будет стандартное отклонение для адекватного описания ван-дер-ваальсовых сил с помощью этого потенциала.

 

Я имею ввиду зафиксировать все атомы, кроме рассматриваемых (например, один атом H в Н2 и один атом С в С6Н6) и провести минимизацию. Может так проще будет?

[arkansas]

Я имею ввиду зафиксировать все атомы, кроме рассматриваемых (например, один атом H в Н2 и один атом С в С6Н6) и провести минимизацию. Может так проще будет?

Дык надо все атомы фиксировать и считать энергию. Зачем минимизация, если для межмолекулярных сил нужно просто значение энергии, чтобы провести фиттинг?

[mishacat]

Не знаю. С программой не работал. Если фиксировать постоянные расстояния покажется невероятно сложно, как вариант, можно было бы предложить считать энергетику произвольно фиксированной геометрии, а затем делать фиттинг функцией из n(n-1)/2 потенциалов Морзе, где n - число атомов в системе. Параметры для однотипных пар атомов при этом будут равными. Для нескольких конфигураций находить среднее и смотреть, насколько разумно будет стандартное отклонение для адекватного описания ван-дер-ваальсовых сил с помощью этого потенциала.

 

А как будет эта функция из n(n-1)/2 потенциалов Морзе будет выглядеть? их перемножить необходимо?