Перейти к содержанию
Форум химиков на XuMuK.ru

Размышления о нуклеиновых кислотах и азотистых основаниях.


Dorif

Рекомендуемые сообщения

🚑 Решение задач, контроши, рефераты, курсовые и другое! Онлайн сервис помощи учащимся. Цены в 2-3 раза ниже!

Меня всегда волновали несколько вопросов: почему в состав ДНК входит тимин. а в РНК- урацил, в ДНК- дезоксирибоза. а в РНК- рибоза. И вот недавно мне пришли несколько идей.

 

Идея первая: метильная группа тимина стабилизирует его в кетоновой форме, урацил же может легко переходить в енольную и спариваться не с аденином. а с гуанином. Для ДНК это критично. так как это- своего рода "загрузочный жёсткий диск" клетки, по информации с которого потом происходит построение всех веществ и структур клетки. РНК же подвергается гидролизу после выполнения своей функции и повреждения в РНК не столь критичны. Для РНК важно чтобы вещества, входящие в её состав быстрее синтезировались и быстрее распадались, так как для неё важна не столько сохранность данных, сколько скорость их воспроизведения в виде белков. Урацил проще по структуре, чем тимин, соответственно на его синтез должно уходить немного меньше времени.

 

Идея вторая: гидроксильные группы рибозы способствуют более лёгкому гидролизу РНК по окончании выполнения своей функции, по сути, происходит автокатализ гидролиза. Но РНК- это всего лишь промежуточный носитель данных. а ДНК- постоянный. Соответственно природа выбрала ДНК для хранения информации о всей клетке, как более стабильное соединение, а РНК- как посредника в синтезе белков, как более быстро синтезирующуюся и легко гидролизующуюся по окончании выполнения своей функции. Гидролиз РНК по окончании синтеза белка очень важен, так как в противном случае белки синтезировались практически неконтролируемо.

 

Как вам кажется: правильные у меня мысли?

Ссылка на комментарий

По-моему, не правильные.

 

Идея первая:

 

"...метильная группа тимина стабилизирует его в кетоновой форме, урацил же может легко переходить в енольную и спариваться не с аденином. а с гуанином..."

 

"...Для РНК важно чтобы вещества, входящие в её состав быстрее синтезировались и быстрее распадались..."

"...Урацил проще по структуре, чем тимин, соответственно на его синтез должно уходить немного меньше времени..."

 

Идея вторая:

 

"...гидроксильные группы рибозы способствуют более лёгкому гидролизу РНК по окончании выполнения своей функции, по сути, происходит автокатализ гидролиза..."

"...Но РНК- это всего лишь промежуточный носитель данных. а ДНК- постоянный..."

 

С выше указанным, я не согласен.

Мне кажется, что лишняя гидроксильная группа в рибозе (при 2 С-атоме) и отсутствие метильной группы в урациле (при 5 С-атоме) играет роль в том, что ДНК двухцепочная, а РНК одноцепочная (говорю о иРНК эукариот и прокариот), что в свою очередь определяет их функции.

Изменено пользователем Русский по сердцу по уму
Ссылка на комментарий

По-моему, не правильные.

 

Идея первая:

 

"...метильная группа тимина стабилизирует его в кетоновой форме, урацил же может легко переходить в енольную и спариваться не с аденином. а с гуанином..."

 

"...Для РНК важно чтобы вещества, входящие в её состав быстрее синтезировались и быстрее распадались..."

"...Урацил проще по структуре, чем тимин, соответственно на его синтез должно уходить немного меньше времени..."

 

Идея вторая:

 

"...гидроксильные группы рибозы способствуют более лёгкому гидролизу РНК по окончании выполнения своей функции, по сути, происходит автокатализ гидролиза..."

"...Но РНК- это всего лишь промежуточный носитель данных. а ДНК- постоянный..."

 

С выше указанным, я не согласен.

Мне кажется, что лишняя гидроксильная группа в рибозе (при 2 С-атоме) и отсутствие метильной группы в урациле (при 5 С-атоме) играет роль в том, что ДНК двухцепочная, а РНК одноцепочная (говорю про эукариотов и прокариотов), что в свою очередь определяет их функции.

Ну, иногда тимин всё же замещается на урацил. Но только из- за нестабильности кетоформы урацила он в ДНК при этом может переходить в енольную, спариваться с гуанином и приводить к мутациям. Когда по микробиологии читал литературу- нашёл про это. Про автокатализ гидролиза в инете читал. И вирусные РНК и ДНК состоят из тех же сахаров и оснований, но тем не менее ДНК могут быть одноцепочечными, а РНК- двухцепочечными(Правда только во время обратной транскрипции уже в клетке, в вирусных вирионах РНК одноцепочечная).

Ссылка на комментарий

"...Ну, иногда тимин всё же замещается на урацил. Но только из- за нестабильности кетоформы урацила он в ДНК при этом может переходить в енольную, спариваться с гуанином и приводить к мутациям..."

Можно ссылку на источник, где Вы прочитали информацию?

 

Может Вы имели ввиду, что при гидролитическом дезаминировании цитозин превращается в урацил, в норме не встречающийся в ДНК? (репарация : урацил-ДНК-гликозидаза---->репарационная эндонуклеаза----> ДНК-полимераза В + лигаза). Также дезаминирование 5-метилцитозина приводит к образованию тимина, но тут с репарацией не ясно.

 

 

"...Про автокатализ гидролиза в инете читал..."

Не пойму, что Вы имеете вавиду. На ум приходит только аутосплайсинг, но, судя по контексту, речь не о нем.

 

 

"...а РНК- двухцепочечными(Правда только во время обратной транскрипции уже в клетке, в вирусных вирионах РНК одноцепочечная)..."

 

тРНК обладает двухцепочечной структурой. У реовирусов, например, РНК двухцепочечная, фрагментированная.

Ссылка на комментарий

"...Ну, иногда тимин всё же замещается на урацил. Но только из- за нестабильности кетоформы урацила он в ДНК при этом может переходить в енольную, спариваться с гуанином и приводить к мутациям..."

Можно ссылку на источник, где Вы прочитали информацию?

 

Может Вы имели ввиду, что при гидролитическом дезаминировании цитозин превращается в урацил, в норме не встречающийся в ДНК? (репарация : урацил-ДНК-гликозидаза---->репарационная эндонуклеаза----> ДНК-полимераза В + лигаза). Также дезаминирование 5-метилцитозина приводит к образованию тимина, но тут с репарацией не ясно.

 

 

"...Про автокатализ гидролиза в инете читал..."

Не пойму, что Вы имеете вавиду. На ум приходит только аутосплайсинг, но, судя по контексту, речь не о нем.

 

 

"...а РНК- двухцепочечными(Правда только во время обратной транскрипции уже в клетке, в вирусных вирионах РНК одноцепочечная)..."

 

тРНК обладает двухцепочечной структурой. У реовирусов, например, РНК двухцепочечная, фрагментированная.

Нет. Я именно про случайное включение урацила. В инете где найти- без понятия. Я в Микробиологии, вирусологии и иммунологии для учащихся по специальности "ветеоринария" 70-х годов читал.

тРНК даже сложнее, чем двухцепочечная. Там же по сути одна цепь, но особым способом изогнутая и основания которой спарены с комплементарными им, но находящимися в той же самой цепочке РНК.

Про автокатализ гидролиза "отработавшей" РНК за счёт гидроксильных групп рибозы.

Изменено пользователем Dorif
Ссылка на комментарий

Нет. Я именно про случайное включение урацила.

 

Так ДНК-полимераза/ы не могут "работать" с рНТФ, к которым относится УТФ. Если я не ошибаюсь, то единственный способ его образования, через гидролитическое дезаминирования цитозина.

 

Я читал, что в ДНК дезоксирибоза и тимин потому, что метильная группа тимина увеличивает "гидрофобные взаимодействия" между цепями, а отсутствие гидроксильной группы при 2 С-атоме увеличивает степень компактности молекулы в целом.

Изменено пользователем Русский по сердцу по уму
Ссылка на комментарий

Так ДНК-полимераза/ы не могут "работать" с рНТФ, к которым относится УТФ. Если я не ошибаюсь, то единственный способ его образования, через гидролитическое дезаминирования цитозина.

 

Я читал, что в ДНК дезоксирибоза и тимин потому, что метильная группа тимина увеличивает "гидрофобные взаимодействия" между цепями, а отсутствие гидроксильной группы при 2 С-атоме увеличивает степень компактности молекулы в целом.

Уж не знаю, как включается, но иногда случается. Как говорится- раз в год и палка стреляет.

А может имеют место оба фактора: и гидрофобность с компактностью и надёжность со стабильностью? Вряд ли природа выбрала бы нестабильное соединение для длительного хранения информации.

Ссылка на комментарий

Так ДНК-полимераза/ы не могут "работать" с рНТФ, к которым относится УТФ. Если я не ошибаюсь, то единственный способ его образования, через гидролитическое дезаминирования цитозина.

 

Я читал, что в ДНК дезоксирибоза и тимин потому, что метильная группа тимина увеличивает "гидрофобные взаимодействия" между цепями, а отсутствие гидроксильной группы при 2 С-атоме увеличивает степень компактности молекулы в целом.

Вот ещё мысля интересная из флудилки Linux.Org.Ru:

Еще заметил. В случае тимина метильная группа попадает в бороздку двойной спирали (и соответственно влияет на рельеф бороздки) что облегчает узнавание последовательности регуляторным белком, у цитозина с урацилом рельеф бороздки бы был одинаков

 

DNA_Seq (07.07.2011 19:10:32)

Ссылка на комментарий

Вот ещё мысля интересная из флудилки Linux.Org.Ru:

 

Ничего не понял. Что за бороздка? "...у цитозина с урацилом рельеф бороздки бы был одинаков..." - это как понять?

Основания спариваются - А-Т, Г-Ц (в ДНК).

Ссылка на комментарий

Ничего не понял. Что за бороздка? "...у цитозина с урацилом рельеф бороздки бы был одинаков..." - это как понять?

Основания спариваются - А-Т, Г-Ц (в ДНК).

Это когда спирали ДНК на время разделяются для того, чтобы с них можно было считать инфу. Высказывается предположение, что метильная группа тимина упрощает его отличение от цитозина.

Ссылка на комментарий

Для публикации сообщений создайте учётную запись или авторизуйтесь

Вы должны быть пользователем, чтобы оставить комментарий

Создать аккаунт

Зарегистрируйте новый аккаунт в нашем сообществе. Это очень просто!

Регистрация нового пользователя

Войти

Уже есть аккаунт? Войти в систему.

Войти
  • Последние посетители   0 пользователей онлайн

    • Ни одного зарегистрированного пользователя не просматривает данную страницу
×
×
  • Создать...