По пунктам расписывать не буду, а изложу свою (может местами не объективную) точку зрения.
ФНМ
Факультет очень маленький, поток - одна группа. Отсюда пристальное внимание к каждому студенту. Похалявить сложно будет - придется напрягаться хочешь ты этого или нет. Относительно большое внимание уделяется научной работе студентов - отсюда относительно частое участие на конференциях и как следствие - достаточное количество публикаций при выпуске.
К минусам относится декан. Кому как, но я бы предпочел иметь с ниим как можно меньше общего. (Без обид!)
Обучение 5,5 лет.
ВХК РАН
Про него из трех претендентов знаю меньше всего, и поэтому моя точка зрения здесь может быть не объективна.
Если прет наука и определился с направлением - можно хорошо там работать, учеба особо отвлекать не будет. Химию может там и на должном уровне преподают, но остальные предметы по стольку по скольку. Вообщем уровень отличается от университетского.
ХимФак
Большой плюс ХимФака в том, что он большой! 12 групп, 4 из которых спецгруппы (это если посильней напряч себя хочешь или заведомо проявляешь интерес к Высокомолекулярным соединениям, Физхимии, тем же материалам или вычислительной технике).
В первую очередь ХимФак - это классическое прекрасное университетское образование (от ФНМ здесь отличий нет), но ты сам можешь выбирать, сколько времени уделить науке, сколько сил тратить на учебу и т.д.
Хочешь до посинения работать в лабе, публиковаться и учавствовать на конференциях - пожалуйста!
Хочешь сгрысть весь гранит знаний - не вопрос!
Хочешь пока молодой погулять - тоже никто не против! Только главное ни с чем не перегнуть палку!
Через 5 лет с большой вероятностью уже с дипломом.