Перейти к публикации
Форум химиков на XuMuK.ru

ЖД56

Пользователи
  • Публикации

    10
  • Зарегистрирован

  • Посещение

Сообщения, опубликованные пользователем ЖД56

  1. 35 минут назад, sweetque сказал:

    Говорят что красные волокна могкт переходить в белые, или по другой версии часть волокон ни те ни другие и дрейфуют.

    Куда девается миоглобин при переходе из красного в белое?

    И что происходит с рецепторами глюкозы в таком случае?

    насколько я помню, все ненужное клетка утилизирует - разбирает на аминокислоы.

    про рецепторы я ничего не помню

    • Like 1
  2. В геме у железа 6 валентных электронов, два свободны. Они могут связать атом кислорода. В миоглобине His-93 занимает 1 связь и не дает железу окисляться. Так?

    Последний вопрос: Если нет молекулы кислорода, то что с этой 6 валентной связью? Где то видел, что там сидит вода?

     

    Кстати, я в ННГУ спрашивал, кто интересуется (VR) структурой белков (или других больших молекул, малые хорошо видны в 2D). Мне сказали, что это - единственный человек в Пущино. Мне кажется, что у него в голове уже есть это VR :)

     

    Чтобы смотреть VR достаточно Cardboard от 200Р или VR Box VR 2.0 (с джойстиком) от ~600 ₽ (на Яндексе).

    Мобильный телефон всавляется внуть шлема. Сначала лучше проверить свой телефон. Для этого нужно запустить страничку в Chrome. Еще вопросы?

  3. я искал "миоглобин", но всё нашлось у них "myoglobin structure carbon monoxide binding"

    https://en.wikipedia.org/wiki/Myoglobin

    https://en.wikibooks.org/wiki/Structural_Biochemistry/Protein_function/Heme_group/Myoglobin

    есть сомнение про Fe2+ и Fe3+. Северинов говорит, что Fe2+ не окисляется до Fe3+, а у них железо отдает электрон молекуле кислорода. Наверное я его неправильно понял.

  4. Где посмотреть или кто может помочь (кроме Константина Северинова :) сделать такое видео?

    На сайте https://www.ibiblio.org/e-notes/webxr/samples.htm можно посмотреть примеры коротких VR "видео" (WebXR)

    "Protein rendering modes" и "Secondarily protein structure. Helix" (и с русским mp3 текстом). VR смотреть можно в Chrome на мобильном телефоне (carboard и т.п.), но можно посмотреть на десктопе не VR.

    Вопросы: как держится гем с железом, как связывается О2, почему железо не окисляется, почему плохо связывается СО (что можно я посмотрю у Северинова). Потом гемоглобин, фолдинг белков...

    1crn1.jpg

  5. Вот нашел Jmol в Уфе - софт.биоуфа.рф/молекулы/. Если любопытно, лучше посмотреть на их сайте а-спираль. Никакая она не спираль, а такая плотно упакованная структура :) Т.е. белок также будет плотно упакованным, а ленты - удобная схема для отображения структуры белка. VR добавлю, когда поправлю программу.

    Clipboard02.jpg

  6. Неелов 2018 "Моделирование биополимеров (руководство к практическим и лабораторным работам): Учебное пособие"

    Запускаем программу, а результат в ВР очки :)

    Чтобы соединить две аминокислоты с образованием воды (файл, руками) - Авогадро?

  7. Я вспомнил еще любопытный пример. Как гемоглобин захватывает и отдает кислород. Изменяется ли структура молекулы при этом? Правда если молекула небольшая, то проще смотреть в 3 или 2D. Структуру большой молекулы лучше видно в VR из-за ощущения глубины (паралакса). Кстати у Oculus Go 3 степени свободы (вращения) и если двигать головой (вперед - назад), то картинка тоже смещается, что сильно заметно, когда модель близко. Можно "заехать" во внутрь большой молекулы.

  8. да, pdb модели (фото вверху) загружаются с этого сайта. Гугл дает множество изображений с сайта и их можно загрузить во въюер. Структура больших молекул в VR видна лучше. Но для неспециалиста хочется чегото понятного и полезного. Самым простым кажется продемонстрировать, что означают различные ленты. Далее - взаимодействие больших молекул, допирование, изменение структуры, анимации... У nanome.ai есть такое VR приложение, но не бесплатно. WebXR - работает в браузере + Oculus Go или Cardboard (мобильный телефон с Chrome или Firefox). Я смотрю Биохимию Северина. Поискать модель вазопрессина (из атомов)? :)

    glmol.jpg

    cid31703.jpg

  9. Я ищу интересную информацию, например по белкам, для веб въюера в виртуальной реальности WebXR GLMol на страничке https://www.ibiblio.org/e-notes/webxr/samples.htm (извините за ссылку, это не реклама). Маленькие модели хорошо видно в 2D.  Смотреть на клубки лент забавно, но не очень поучительно. Нужны достаточно большие и интересные модели.

    Например где найти (как сгенерировать) sdf (xyz) файлы для примера спирали (alpha helix) и ленты вторичной структуры белка?

    Извините, я "полупроводниковый" физик.

    Евгений Демидов

    6aui.jpg

    6vak.jpg

×
×
  • Создать...
Яндекс.Метрика