["Как работает миоглобин" VR видео?]

35 минут назад, sweetque сказал:

Говорят что красные волокна могкт переходить в белые, или по другой версии часть волокон ни те ни другие и дрейфуют.

Куда девается миоглобин при переходе из красного в белое?

И что происходит с рецепторами глюкозы в таком случае?

насколько я помню, все ненужное клетка утилизирует - разбирает на аминокислоы.

про рецепторы я ничего не помню

["Как работает миоглобин" VR видео?]

В геме у железа 6 валентных электронов, два свободны. Они могут связать атом кислорода. В миоглобине His-93 занимает 1 связь и не дает железу окисляться. Так?

Последний вопрос: Если нет молекулы кислорода, то что с этой 6 валентной связью? Где то видел, что там сидит вода?

 

Кстати, я в ННГУ спрашивал, кто интересуется (VR) структурой белков (или других больших молекул, малые хорошо видны в 2D). Мне сказали, что это - единственный человек в Пущино. Мне кажется, что у него в голове уже есть это VR

 

Чтобы смотреть VR достаточно Cardboard от 200Р или VR Box VR 2.0 (с джойстиком) от ~600 ₽ (на Яндексе).

Мобильный телефон всавляется внуть шлема. Сначала лучше проверить свой телефон. Для этого нужно запустить страничку в Chrome. Еще вопросы?

["Как работает миоглобин" VR видео?]

я искал "миоглобин", но всё нашлось у них "myoglobin structure carbon monoxide binding"

https://en.wikipedia.org/wiki/Myoglobin

https://en.wikibooks.org/wiki/Structural_Biochemistry/Protein_function/Heme_group/Myoglobin

есть сомнение про Fe2+ и Fe3+. Северинов говорит, что Fe2+ не окисляется до Fe3+, а у них железо отдает электрон молекуле кислорода. Наверное я его неправильно понял.

["Как работает миоглобин" VR видео?]

2 часа назад, sweetque сказал:

У гликолитических волокон миоглобин есть?

http://sportwiki.to/Типы_мышечных_волокон "Содержание миоглобина - Низкое (белые мышцы)"

["Как работает миоглобин" VR видео?]

Где посмотреть или кто может помочь (кроме Константина Северинова :) сделать такое видео?

На сайте https://www.ibiblio.org/e-notes/webxr/samples.htm можно посмотреть примеры коротких VR "видео" (WebXR)

"Protein rendering modes" и "Secondarily protein structure. Helix" (и с русским mp3 текстом). VR смотреть можно в Chrome на мобильном телефоне (carboard и т.п.), но можно посмотреть на десктопе не VR.

Вопросы: как держится гем с железом, как связывается О2, почему железо не окисляется, почему плохо связывается СО (что можно я посмотрю у Северинова). Потом гемоглобин, фолдинг белков...

[вторичная структура белка в VR]

Вот нашел Jmol в Уфе - софт.биоуфа.рф/молекулы/. Если любопытно, лучше посмотреть на их сайте а-спираль. Никакая она не спираль, а такая плотно упакованная структура  Т.е. белок также будет плотно упакованным, а ленты - удобная схема для отображения структуры белка. VR добавлю, когда поправлю программу.

[вторичная структура белка в VR]

Неелов 2018 "Моделирование биополимеров (руководство к практическим и лабораторным работам): Учебное пособие"

Запускаем программу, а результат в ВР очки

Чтобы соединить две аминокислоты с образованием воды (файл, руками) - Авогадро?

[вторичная структура белка в VR]

Я вспомнил еще любопытный пример. Как гемоглобин захватывает и отдает кислород. Изменяется ли структура молекулы при этом? Правда если молекула небольшая, то проще смотреть в 3 или 2D. Структуру большой молекулы лучше видно в VR из-за ощущения глубины (паралакса). Кстати у Oculus Go 3 степени свободы (вращения) и если двигать головой (вперед - назад), то картинка тоже смещается, что сильно заметно, когда модель близко. Можно "заехать" во внутрь большой молекулы.

[вторичная структура белка в VR]

да, pdb модели (фото вверху) загружаются с этого сайта. Гугл дает множество изображений с сайта и их можно загрузить во въюер. Структура больших молекул в VR видна лучше. Но для неспециалиста хочется чегото понятного и полезного. Самым простым кажется продемонстрировать, что означают различные ленты. Далее - взаимодействие больших молекул, допирование, изменение структуры, анимации... У nanome.ai есть такое VR приложение, но не бесплатно. WebXR - работает в браузере + Oculus Go или Cardboard (мобильный телефон с Chrome или Firefox). Я смотрю Биохимию Северина. Поискать модель вазопрессина (из атомов)?

[вторичная структура белка в VR]

Я ищу интересную информацию, например по белкам, для веб въюера в виртуальной реальности WebXR GLMol на страничке https://www.ibiblio.org/e-notes/webxr/samples.htm (извините за ссылку, это не реклама). Маленькие модели хорошо видно в 2D.  Смотреть на клубки лент забавно, но не очень поучительно. Нужны достаточно большие и интересные модели.

Например где найти (как сгенерировать) sdf (xyz) файлы для примера спирали (alpha helix) и ленты вторичной структуры белка?

Извините, я "полупроводниковый" физик.

Евгений Демидов