win

Спасибо! Я же ни химик, у меня нет ни опыта ни условий чтобы "оттитровать аликвоту раствора" или "построить потенциометрическую кривую". Мне казалось, что на мой вопрос можно ответить исходя из "теории". Прочитав Ваши ответы, воскресив в памяти школьные познания и почитав Гордона.... Я имею молекулу ПЭА, в ней грубо 120 аминов, из них 30 - первичных, 60 - вторичных и 30 третичных. в эксперименте показано, что каждый шестой амин (т.е. 20) протонирован, мне надо выяснить сколько из них первичных, сколько вторичных, сколько третичных. Наверно, это можно сделать через константу диссоциации амина как основания ... дальше, пожалуйста, проверяйте тщательно .. :unsure: pKb=pKw-pKa => для [=N-]: pKb=14-11.01=2.99 pKb=-lgKb => для [=N-]: pK=-(10`2.99)=-977.2; аналогично [=N]:-812.8, [-N]:-1559.5. Теперь простите мою безграмотность! Если Kb=[NH+]+[OH-] / [N], то как дилетанту понять ... сколько первичных, вторичных и третичных аминов протонировано, если их всего таких "протонированных" 20?

Да, статья илменно эта. И структура именно такая. Я правильно понимаю, что амины, имеющие две или три связи с углеродом (-N=, -NH-) протонируются быстрее и охотнее, чем те что висят на концах цепей (-NH2)? А почему, есть ли этому какое-нибудь вразумительное обьяснение? И есть ли между ними (вторичными и третичными) разница? И как быть с тем, что молекула "свернута в клубок" и внешние амины протонируются легче, чем внутренние? В разговоры про зависимость от разных факторов, типа Т или концентрации, я не хочу углубляться, т.к. я все равно эти факторы в моих экспериментах я не изменить, не промерять не могу. Спасибо всем снова!

Спасибо! Мне надо слегка описать ситуацию, видимо.. а то мои вопросы совсем странно должны выглядеть. Я - врач исходно, занимаюсь мол. генетикой и ген. терапией. Подход к ПЭА у меня сугубо утилитарный. Концентрации с кот. я работаю очень низкие - 10 .. 100mg/L, т.е. этот фактор, мне кажется, уже роли большой играть не должен. Я "формирую" комплексы разных по размеру (5-10кДа) и структуре ПЭА с молекулами РНК (около 13кДа), и трансфецирую ими клетки. Эффективность комплексообразования и стабильность комплексов очень зависит от структуры полимеров. Сейчас я работаю с группой математиков, кот. пытаются мои практические упражнения симулировать, формально это зовется molecular dynamics simulation, сначала они строят модель каждой из молекул, потом считают энергию их взаимодействия (электростат., т.к. ПЭА и РНК разно-заряжены в физиолог. среде). В процессе этих симуляций, нужно "навесить" на полимер нужное кол-во протонов. Им (математикам) все равно - куда и сколько. Вот они меня и спрашивают - "как будем ПЭА протонировать"? Мне надо что-то близкое к правде ответить... Единственный источник, кот. я упоминала, я могу выслать, чтобы не пересказывать. Т.е. получается: 1. Концентрация такая низкая, что такую зависимость можно уже не учитывать. Тем более, что в мат. упражнениях, вообще работают с одной модельной молекулой. 2. Буду уже совсем детальна. Молекула имеет разветвл. структуру. Весит 5 кДа. Соотношение primary:secondary:tertiary amines - 25:50:25%. Т.е. если всего этих аминов, скажем 121, можно легко подсчитать сколько каких. На поверхности, вероятно, все "primary", может еще кто из "secondary". Больше ничего вразумительного сказать не могу, хотя, не могу не согласиться - вероятность протониривания внешних атомов выше. 3. Ок. 0 : 0.5 : 1.0 Возвращаюсь к своим баранам: как предсказать степень протониривания всей молекулы, и вероятность быть протонированным для каждого амина? Огромное спасибо за время и внимание!

Здравствуйте! :unsure: Я не химик, поэтому вопросы, вероятно, дурацкие задавать буду. Но ситуация вынуждает. Есть такой полимер - полиэтиленамин: [-CH2-CH2-NH-]n. Я его использую в качестве трансфекционного реагента, для введения нуклеин. кислот в клетки с разными "пора-терапевтическими" целями. В условиях физиологического pH 7.4 атомы азота в составе этого полимера протонируются, но не все. Дык вот мне надо точно описать 1. Степень этого процесса, т.е. какая часть атомов азота "с", какая "без" водородов. Я нашла одну древнюю статью, где авторы экспериментально показали, что каждый шестой азот при pH 7.4 с протоном. Статья лет 15 давности, и методология сомнительная. Нельзя ли это точнее предсказать? 2. Если молекула полимера линейна - все азоты имеют равные шансы поиметь протон. А если полимер с разветвленний структурой - часть азотов такая -N=, часть такая -NH-, а часть вообще -NH2. Можно ли вероятность протонирования таких атомов принять за 0 , 1 и 2? Спасибо заранее!

Да нет. Две полимерние молекулы: одна - двухцепочечная РНК около 13 кДа весом, другая - полиэтиленамин с разветвленной структурой 25 кДа. В физиологических условиях они заряжены по-разному и связываются в силу эл. взаимодействия. Металлов там нет.

Хуже - я врач. То чем сейчас занимаюсь - онкология, генная терапия, трансфекция клеток in vitro и in vivo, структура и свойства трансфекционных комплексов.. ну вот так и до химии пришлось добраться. Сейчас сотрудничаю с группой компьютерных "гениев", которые эти комплексы симулируют. Так вот они пока могут на компе изобразить такой комплекс только из 2 молекул, и хотят чтобы я такой в реальности сделала и с их моделью сравнила. А я чувствую, что это невозможно. В более менее физиологических условиях эти комплехсы формируются спонтанно из десятков или сотен молекул, и имеют более менее четкие характеристики (размер, заряд..) Если сможешь что-нибудь найти по этому поводу, скинь пожалуйста прямо сюда: anastasia.malek@irb.unisi.ch

Вот, например, группа в Мюнхене с этими комплексами работает. На их сайте есть кое-какие описания. А так, надо статьи читать. Могу прислать, конечно. http://www.cup.uni-muenchen.de/pb/aks/ewagner/ А что из себя может представлять этот кол. раств. в котором можно было бы такие комплексы образовать?

Здравствуйте. Я наверно глупость явную спросить собираюсь.. Но я не химик. И это, надеюсь, меня извиняет. Для введения в клетки с терапевтической целью нуклеиновых кислот, их связывают с катион. полимерами. В рез электростст. взаимодействия двух по-разному заряж. полимеров образуются т.н. трансфекционные комплексы, размером 100-200 нм, т.е. состоящие из множества молекул. Стабильность, размер, структура комплексов зависит от условий комплексации. Вопрос в том можно ли в принципе, манипулируя этими условиями (concentration, pH, buffer stringency...) приготовить взвесь комплексов, состоящих их двух молекул, например РНК (13кДа) и полиэтиленамин (25 кДа)? :blink: Заранее всем спасибо