По личному опыту могу сказать, что нейронные сети наиболее популярны в академической среде. В реальной практике их использование весьма ограничено.
Но конечно, такие задачи не решаются при помощи if-else.
При реализации своего онлайн-сервиса, генерирующего структурные формулы из названий
http://easychem.org/ru/name-formula
я использовал метод информационной доски, который применяется в криптоанализе.
Честно говоря, сервис я не доделал. Он умеет распознавать названия довольно ограниченного множества веществ.
Но тем не менее, различает разные формы описания. Например: 2-гексанол, гексанол-2 и гексан-2-ол.
Даже 2-пентенол-3, причём я даже точно не знаю, правильная ли формула из этого получается.
Или вот интересный пример: 1,2,3,4,5-пентахлор пентанол
Тут одна лексема "пента" используется дважды в разном значении.