Правильнее считать, на мой взгляд, что молекулой графита является плоский слой СnВнутри этого слоя отдельные атомы связаны ковалентными связями
А вот слои связаны между собой слабым, межмолекулярным взаимодействием.
Поскольку слои (с точки зрения числа атомов) очень большие, то суммарное их взаимодействие достаточно велико. И "молекулы" очень большие, поэтому типичных свойств веществ с молекулярной решеткой (летучесть, растворимость, низкая Тпл) графит не показывает.
Поэтому принято считать, что кристаллическая решетка графита - атомная.
Разница между молекулярной кристаллической решеткой и атомной - в природе связи между узлами. Так инертные газы в твердом состоянии образуют молекулярную кристаллическую решетку. Хотя в узлах этой решетки атомы, но связь между ними - Ван-дер-Ваальсова, т.е. по сути - межмолекулярная. Можно считать, что это одноатомные молекулы.