Вообще-то если в тексте используются брутто-формулы не очень многих веществ, то можно тупо настроить автозамену: написать формулу с нижними индексами (напр., H2SO4), выделить, нажать Ctrl+C, потом сервис -> параметры автозамены, в поле "заменить" набрать "H2SO4" (без индексов), над полем "на" выбрать "форматированный текст", нажать "ОК". Теперь при вводе H2SO4 она будет автоматически преобразовываться в H2SO4.
С преобразованием Cl в cl ещё проще: если после такой замены навести курсор на букву "с", то должна появиться иконка с молнией. Нажав на неё, можно объяснить ворду, что больше так делать не надо (отключить замену...)