Конструктор молекул Arguslab, программа бесплатная.
http://www.mediafire.com/?r98y2nde90ewyoq портативная версия.
YASARA более продвинутый конструктор хим. соединений. Комплекс состоит из нескольких программ, только эта бесплатна.
http://www.mediafire.com/?ae11wqlf8wmwzs6 портативная версия.