Поиск

В этом году в США стартовала программа, нацеленная на секвенирование миллиона геномов американцев, а в Китае собираются "замутить" проект по секвенированию ста миллионов Китайцев. Причём во всех подобных проектах используется флуоресцентная технология компании Illumina, основанная на синтетических дНТФ с флуорофорами, присоединёнными к основаниям через азид-содержащий линкер, да ещё и с метилазидной блокировкой 3'-OH группы у дезоксирибозы. С непривычки звучит страшновато, но если посмотрите в патентах способы синтеза азидных линкеров, то станет ещё страшнее. Для России секвенирование народонаселения является непозволительной роскошью из-за дороговизны расходных реагентов, т.е. этих самых модифицированных дНТФ. Модифицировать нуклеотиды способны 3...4 группы отечественных химиков, но для начала было бы неплохо освоить синтез азидных линкеров. Причём главное в этом деле не столько синтез требуемого соединения, сколько разработка простейшего варианта его синтеза. Или даже просто теоретическая проработка этого вопроса (показывающая, что "не так страшен чёрт, как его малюют"). На рисунке показана общая структура модифицированного дНТФ. Выделены азидные группы, восстановление которых (фосфинами, меркаптоэтанолом и т.п.) приводит к удалению флуорофора и высвобождению блокированного 3'-OH конца дезоксирибозы. Посадить на 3'-конец метилазидный блокатор (AZM) не слишком сложно. Это было освоено ещё в прошлом веке Завгородним (ИБХ РАН). Не меченые трифосфаты такого типа даже имеются в продаже: https://azcobiotech.com/reagents/pcr-sequencing-reagents/3-azm/ Есть в продаже и флуорофоры с различными функциональными группами, и аминоаллильные производные трифосфатов, к которым можно "пришивать" флуорофоры. А вот линкеры для такой пришивки отсутствуют. Отсюда - вопрос: нельзя ли как-нибудь попроще синтезировать требуемые линкеры? Сам в синтезах не разбираюсь, так что если что-то и придумаю, то, скорее всего, окажется глупостью. Буду признателен за любые вопросы, предложения и соображения.