Перейти к содержанию
Форум химиков на XuMuK.ru

вторичная структура белка в VR


ЖД56

Рекомендуемые сообщения

Решение задач, рефераты, курсовые! Онлайн сервис помощи учащимся. Цены в 2-3 раза ниже!

Я ищу интересную информацию, например по белкам, для веб въюера в виртуальной реальности WebXR GLMol на страничке https://www.ibiblio.org/e-notes/webxr/samples.htm (извините за ссылку, это не реклама). Маленькие модели хорошо видно в 2D.  Смотреть на клубки лент забавно, но не очень поучительно. Нужны достаточно большие и интересные модели.

Например где найти (как сгенерировать) sdf (xyz) файлы для примера спирали (alpha helix) и ленты вторичной структуры белка?

Извините, я "полупроводниковый" физик.

Евгений Демидов

6aui.jpg

6vak.jpg

Ссылка на комментарий

да, pdb модели (фото вверху) загружаются с этого сайта. Гугл дает множество изображений с сайта и их можно загрузить во въюер. Структура больших молекул в VR видна лучше. Но для неспециалиста хочется чегото понятного и полезного. Самым простым кажется продемонстрировать, что означают различные ленты. Далее - взаимодействие больших молекул, допирование, изменение структуры, анимации... У nanome.ai есть такое VR приложение, но не бесплатно. WebXR - работает в браузере + Oculus Go или Cardboard (мобильный телефон с Chrome или Firefox). Я смотрю Биохимию Северина. Поискать модель вазопрессина (из атомов)? :)

glmol.jpg

cid31703.jpg

Ссылка на комментарий

Я вспомнил еще любопытный пример. Как гемоглобин захватывает и отдает кислород. Изменяется ли структура молекулы при этом? Правда если молекула небольшая, то проще смотреть в 3 или 2D. Структуру большой молекулы лучше видно в VR из-за ощущения глубины (паралакса). Кстати у Oculus Go 3 степени свободы (вращения) и если двигать головой (вперед - назад), то картинка тоже смещается, что сильно заметно, когда модель близко. Можно "заехать" во внутрь большой молекулы.

Ссылка на комментарий

Неелов 2018 "Моделирование биополимеров (руководство к практическим и лабораторным работам): Учебное пособие"

Запускаем программу, а результат в ВР очки :)

Чтобы соединить две аминокислоты с образованием воды (файл, руками) - Авогадро?

Ссылка на комментарий

Вот нашел Jmol в Уфе - софт.биоуфа.рф/молекулы/. Если любопытно, лучше посмотреть на их сайте а-спираль. Никакая она не спираль, а такая плотно упакованная структура :) Т.е. белок также будет плотно упакованным, а ленты - удобная схема для отображения структуры белка. VR добавлю, когда поправлю программу.

Clipboard02.jpg

Ссылка на комментарий

Для публикации сообщений создайте учётную запись или авторизуйтесь

Вы должны быть пользователем, чтобы оставить комментарий

Создать учетную запись

Зарегистрируйте новую учётную запись в нашем сообществе. Это очень просто!

Регистрация нового пользователя

Войти

Уже есть аккаунт? Войти в систему.

Войти
  • Последние посетители   0 пользователей онлайн

    • Ни одного зарегистрированного пользователя не просматривает данную страницу
×
×
  • Создать...
Яндекс.Метрика