ЖД56 2 Опубликовано: 24 февраля 2020 Рассказать Опубликовано: 24 февраля 2020 Я ищу интересную информацию, например по белкам, для веб въюера в виртуальной реальности WebXR GLMol на страничке https://www.ibiblio.org/e-notes/webxr/samples.htm (извините за ссылку, это не реклама). Маленькие модели хорошо видно в 2D. Смотреть на клубки лент забавно, но не очень поучительно. Нужны достаточно большие и интересные модели. Например где найти (как сгенерировать) sdf (xyz) файлы для примера спирали (alpha helix) и ленты вторичной структуры белка? Извините, я "полупроводниковый" физик. Евгений Демидов Цитата Ссылка на сообщение
chemister2010 854 Опубликовано: 24 февраля 2020 Рассказать Опубликовано: 24 февраля 2020 Про вот это: https://ru.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank вы уже знаете? Цитата Ссылка на сообщение
ЖД56 2 Опубликовано: 24 февраля 2020 Автор Рассказать Опубликовано: 24 февраля 2020 да, pdb модели (фото вверху) загружаются с этого сайта. Гугл дает множество изображений с сайта и их можно загрузить во въюер. Структура больших молекул в VR видна лучше. Но для неспециалиста хочется чегото понятного и полезного. Самым простым кажется продемонстрировать, что означают различные ленты. Далее - взаимодействие больших молекул, допирование, изменение структуры, анимации... У nanome.ai есть такое VR приложение, но не бесплатно. WebXR - работает в браузере + Oculus Go или Cardboard (мобильный телефон с Chrome или Firefox). Я смотрю Биохимию Северина. Поискать модель вазопрессина (из атомов)? Цитата Ссылка на сообщение
ЖД56 2 Опубликовано: 24 февраля 2020 Автор Рассказать Опубликовано: 24 февраля 2020 Я вспомнил еще любопытный пример. Как гемоглобин захватывает и отдает кислород. Изменяется ли структура молекулы при этом? Правда если молекула небольшая, то проще смотреть в 3 или 2D. Структуру большой молекулы лучше видно в VR из-за ощущения глубины (паралакса). Кстати у Oculus Go 3 степени свободы (вращения) и если двигать головой (вперед - назад), то картинка тоже смещается, что сильно заметно, когда модель близко. Можно "заехать" во внутрь большой молекулы. Цитата Ссылка на сообщение
ЖД56 2 Опубликовано: 25 февраля 2020 Автор Рассказать Опубликовано: 25 февраля 2020 Неелов 2018 "Моделирование биополимеров (руководство к практическим и лабораторным работам): Учебное пособие" Запускаем программу, а результат в ВР очки Чтобы соединить две аминокислоты с образованием воды (файл, руками) - Авогадро? Цитата Ссылка на сообщение
ЖД56 2 Опубликовано: 25 февраля 2020 Автор Рассказать Опубликовано: 25 февраля 2020 Вот нашел Jmol в Уфе - софт.биоуфа.рф/молекулы/. Если любопытно, лучше посмотреть на их сайте а-спираль. Никакая она не спираль, а такая плотно упакованная структура Т.е. белок также будет плотно упакованным, а ленты - удобная схема для отображения структуры белка. VR добавлю, когда поправлю программу. Цитата Ссылка на сообщение
Рекомендованные сообщения
Присоединяйтесь к обсуждению
Вы можете опубликовать сообщение сейчас, а зарегистрироваться позже. Если у вас есть аккаунт, войдите в него для написания от своего имени.
Примечание: вашему сообщению потребуется утверждение модератора, прежде чем оно станет доступным.