Free Software for chemical reaction simulation

[Anticancer agent 0]

Добрый день, уважаемые друзья и коллеги. 

Если Вы знаете, бесплатную программу для симуляции химических реакций, то буду Вам очень признателен. 

С уважением, Anticancer agent. 

[химхлам 194]

Химическая реакция - явление сложное в современной науке,  что Вы собираетесь в ней  моделировать: термодинамику, кинетику, мат. баланс или ещё что? Это будут совершенно разные программы. 

Изменено 23 сентября пользователем химхлам

[Fr франций 44]

18 часов назад, Anticancer agent сказал:

Добрый день, уважаемые друзья и коллеги. 

Если Вы знаете, бесплатную программу для симуляции химических реакций, то буду Вам очень признателен. 

С уважением, Anticancer agent. 

Квантовая химия и мол. динамика в помощь. Для квантовой химии ORCA, DFTB, Quantum Espresso, GAMESS US. Для мол. динамики Gromacs, NAMD, LAMMPS. Далеко не полный список.

[Anticancer agent 0]

Fr Франций, спасибо, попробую. 

Чуть-чуть конкретезирую: хотел бы такую программу, которая получив вводные данные(реагенты, катализаторы и условия) выдала, основываясь на теоретическом опыте, предполагаемые продукты реакции и побочные, а так же могла бы порекомендовать, как улучшить выход... 

 

[Fr франций 44]

24.09.2020 в 16:20, Anticancer agent сказал:

Fr Франций, спасибо, попробую. 

Чуть-чуть конкретезирую: хотел бы такую программу, которая получив вводные данные(реагенты, катализаторы и условия) выдала, основываясь на теоретическом опыте, предполагаемые продукты реакции и побочные, а так же могла бы порекомендовать, как улучшить выход... 

 

Хм. Тогда я не совсем в тему. С помощью квантовой химии можно исследовать реакции, допустим узнать механизм, когда есть несколько предполагаемых, можно и выход примерно посчитать, но это если только вы знаете все побочные и посчитаете барьер для каждой. 

Попробуйте лучше программы для планирования синтеза. Сам такими не пользовался так что забейте в гугле software synthesis planning, может найдёте что-нибудь крякнутое или со свободной лицензией.

[химхлам 194]

24.09.2020 в 16:20, Anticancer agent сказал:

кхотел бы такую программу, которая получив вводные данные(реагенты, катализаторы и условия) выдала, основываясь на теоретическом опыте, предполагаемые продукты реакции и побочные, а так же могла бы порекомендовать, как улучшить выход... 

Такой программы нет и в ближайшие столетия, судя по всему, не появится потому что расчёты ужасающе громоздки и даже если вычислять на самом быстром квантовом суперкомпьютере,  время зашкаливает. Гораздо дешевле на основании интуиции и опыта провести натурный эксперимент, что все и делают.

Правда, есть базы данных типа SciFinder и Reaxys, которые создали и продолжают "набивать" коммерческие фирмы, они продают доступ к пользованию по интернету, цены не дешёвые, что-то около 20 тыс. долл. в год. 

[chemister2010 724]

Под DOS была программа Flamingo, которая предлагала синтез от исходника до конечного продукта в основном через Дильса-Альдера.

[химхлам 194]

Да что она даёт, если реакций в органике многие тысячи, если уже не миллионы.

[Arkadiy 1 246]

15 часов назад, химхлам сказал:

Да что она даёт, если реакций в органике многие тысячи, если уже не миллионы.

Тысячи реакций можно написать для одного вещества, например метанола

[chemister2010 724]

29.09.2020 в 19:35, химхлам сказал:

Да что она даёт, если реакций в органике многие тысячи, если уже не миллионы.

 

Поскольку программа не знает, идет реакция точно или нет, она перебором предлагает варианты. Иногда получаются очень нестандартные пути синтеза. Типа собрать фенильное кольцо из алкенов или добавить выбрасываемую группу SO2 для сборки сложной молекулы. Т.е. программа учит гибкости химического мышления.