Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на пол миллиарда конформеров

[igorchem]

Добрый день,

предлагаю Вашему вниманию предварительный релиз базы данных химических веществ с поиском по функциональным группам, на данный момент в ней 103 миллиона молекул и около 500 миллионов конформеров, которая основана на данных PubChem и которую мы планируем сами дополнять новыми данными и расчетами.

https://www.elegant-nmr.com/mdb/

Мы планируем эту базу всегда поддерживать бесплатно у нас на сайте.

С радостью выслушаю критику, замечания, отзывы, советы.

Спасибо!

С уважением и с наступающими Новогодними праздниками!

[Вадим Вергун]

2 минуты назад, igorchem сказал:

Добрый день,

предлагаю Вашему вниманию предварительный релиз базы данных химических веществ с поиском по функциональным группам, на данный момент в ней 103 миллиона молекул и около 500 миллионов конформеров, которая основана на данных PubChem и которую мы планируем сами дополнять новыми данными и расчетами.

https://www.elegant-nmr.com/mdb/

Мы планируем эту базу всегда поддерживать бесплатно у нас на сайте.

С радостью выслушаю критику, замечания, отзывы, советы.

Спасибо!

С уважением и с наступающими Новогодними праздниками!

Видать база очень интересная))) Я понимаю что тором зайти можно, но делать я этого конечно же не буду.

[igorchem]

Спасибо большое за ответ!

 

Прикольно, не знал, что у вас так билайн поступает. Скажите, пожалуйста, мне очень интересно, а другие провайдеры тоже так блокируют?

 

Спасибо!

Изменено 22 Декабря, 2020 в 22:17 пользователем igorchem

[Вадим Вергун]

9 часов назад, igorchem сказал:

Спасибо большое за ответ!

 

Прикольно, не знал, что у вас так билайн поступает. Скажите, пожалуйста, мне очень интересно, а другие провайдеры тоже так блокируют?

 

Спасибо!

Скорее всего да, с телефона тоже не заходит (МТС). Судя по всему сайт заблокирован Роскомнадзором, так что не рассчитывайте на трафик из России. 

Изменено 23 Декабря, 2020 в 06:53 пользователем Вадим Вергун

[Монстр]

да не, у меня показывает

[yatcheh]

У меня тоже работает. Зашёл, ни черта не понял - кто на ком стоял...

[chemister2010]

Не понял цели вашей базы данных.

Не понял почему у вас NMR в названии. Это как-то связано с ЯМР-спектрами?

Неудобно, что атомы в формуле нужно отделять пробелами.

В хелпе для Functional groups опечатка в первом слове.

[yatcheh]

Кликаю на значки "вопрос" - ничего не происходит. Поле ввода "Only CID" не редактируется.

Что ж так всё криво?

Изменено 23 Декабря, 2020 в 08:19 пользователем yatcheh

[Arkadiy]

Кривенько, открылось, но дальше ничего. Вопрос работает только первый с задержкой в 2-3 секунды

На запрос C18H36 выдало нечто фантастические из чистого углерода, целых 3 штуки1!!красиво, но бессмысленно

[igorchem]

Спасибо большое за отзывы, в старом варианте надо было разделять пробелами группы атомов, сейчас исправил.

 

Ключевая идея при поиске - это вначале выбрать те функциональные группы, что есть в молекуле для поиска, и потом сделать такой поиск.

Например, мы хотим найти все, что содержит COOH, CH3, NH2 группы и имеет не много атомов.

В этом случае вводим поочередно в Auxilary Search

1. COOH , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 54723866,
2. CH3 , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 3034819,
3. NH2 , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 5460608,

Теперь мы хотим найти молекулы, которые содержат эти функциональные группы (в Functional Groups у нас из-за вспомогательного поиска осталось 54723866,3034819,59342537) , причем мы хотим найти молекулы, у которых есть от 2 до 8 атомов углерода и от 1 до 5 атомов фтора, тогда в первой строке мы запишем:

C2-8 F1-5

и нажимаем поиск.

Получается 11 молекул. У тех, у которых есть конформеры, при переключении на конформеры Вы можете мышкой повернуть и посмотреть на молекулу с разных сторон.