Хроматограф вам может посчитать концентрацию только тогда, когда в его ПО уже есть градуировка (либо старая, либо свежая).
Если он вам неверные концентрации для свежей ПГС выдает по старой градуировке, то градуировку нужно обновить (т.е. вбить в ПО свежие площади пиков для известных концентраций в свежей ПГС, чтоб ПО вам посчитало свежие градуировочные коэффициенты). В идеале свежие градуировочные коэффициенты у стабильно работающего прибора не должны сильно отличаться от старых, но, в общем случае, они и не обязаны быть близкими к старым. Для того регулярное обновление градуировки и нужно, чтоб иметь актуальные значения град. коэффициентов.
Если градуировка свежая, по этой свежей ПГС, и прибор выдает для этой же ПГС неверные концентрации, значит проблема с этой свежей градуировкой, например она получилась непрямолинейной. Она у вас одноточечная или многоточечная?