Спасибо за ответы. Я порылся в и-нете и картина примерно сложилась. Может кому интересно будет.
1. У силиконового масла очень низкое поверхностное натяжение. Из-за этого, оно может течь изо всех щелей.
2. Высокое тепловое расширение. Расширительного бачка может не хватить.
3. При высоких температурах может превратиться в гель со временем, особенно при наличии загрязнений. В двигателе, там где стенки цилиндров - температура может быть высокой. Антифриз закипает и пузырьки без проблем могут быть выведены. Силиконовое масло имеет ограниченный ресурс по части высоких температур.
4. Если в системе получится вода, а она может получиться в следствие конденсата. То она не смешается и легко замерзнет на морозе.
Также, силиконовое масло очень хорошо растворяет в себе газ. Но не знаю, насколько это важно в данном случае.
ПМС - это полиметилсилоксан. Для теплоносителей используют полиметилфенилсилоксан (ПФМС). Он более устойчив к высоким температурам, но он гуще - помпа плохо будет его ворочить.
В общем, силиконовые жидкости используют в качестве теплоносителей, но там условия должны быть специальные, насколько мне удалось понять - должно быть число, герметично и без перегревов. Их используют в каких-нибудь высокотехнологичных установках, приборах и т.п.