1. У них должен отличаться спектр поглощения в УФ и видимом диапазоне - самый надёжный, точный и быстрый метод, но требуется хороший спектрофотометр
2. Гемоглобин содержит железо, В12 - кобальт, флавопротеид же может не содержать данных металлов либо содержать железо в составе железосерного кластера (как, например, сукцинатдегидрогеназа, может быть, флавопротеиды тоже разные бывают).
3. Исключить витемаин В12 можно также по отсутствию в его растворе биуретовой реакции (если он чистый), насколько я помню, В12 белком не является...
4. Можно попробовать поискать качественные реакции на тетрапиррольные соединения и на кобальт, на первую реакцию будет реагировать гемоглобин, на вторую - только В12, флавопротеид не будет реагировать ни на ту, ни на другую реакцию