Биоинформатический анализ

[dcfdsc]

• Объясните пожалуйста стратегию решения
• Чтобы получить мутантный белок Cas9 аспирант взял плазмиду pVIP1 с фрагментом гена Cas9 и высокоточную ДНК-полимеразу Q5 (NEB) для сайт-направленного мутагенеза. После ПЦР с праймерами, содержащими тринуклеотидную замену, лигирования и трансформации клеток E. coli были получены плазмиды c пяти разных колоний. Проведите множественное выравнивание секвенограмм
  
  Задача. Какую аминокислотную замену хотел произвести аспирант? Последовательность из трех нуклеотидов, которая закодирована в праймере.
  
  Праймеры, использованные для получения плазмид 1, 2, 3, 4
  Primer1_F 5'-TATGATTAAGGCGCGTGGTCATTTTTTGATTGAG-3'
  Primer1_R 5'-TGCGCTAAGGCCAAATAG-3
• Праймеры, использованные для получения плазмиды 5
  Primer2_F 5'-ATATGATTAAGGCGCGTGGTCATTTTTTGATTGAGG-3'
  Primer2_R 5'-GCGCTAAGGCCAAATAGA-3'
• Праймер, использованный для секвенирования
  Праймер T3-промотора 5'-GCAATTAACCCTCACTAAAGG-3'