Если вы делали бак.анализ и у вас обнаружены термотолерантные колиформные бактерии - это показатель свежего фекального загрязнения, т.е. выгребная яма однозначно. Анализ питьевой воды по бак.показателям - это анализ на кишечную палочку и больше ни на что другое, на агаре Эндо идентифицируется только она. Если интересно что может быть в воде еще, то смотрите к-н литературу по бактериологии и , наверно, по криминалистике, ищите подходящие среды и экспериментируйте дальше.
Про щелочность и сульфаты. Щелочность поверхностных вод, к которым относится и ваш колодец, почти всегда выше 5, такое уж свойство. Сульфаты - скорее всего, особенность именно вашей воды и к трупу не имеет отношения. Тем более, что ваша вода жесткая, след. сульфатов может быть немало.