Программа по 3D хим моделированию.

[Dark Templar]

Мы пытаемся сделать программу по 3д молекулярному моделированию, цель - создать комп. модель живой клетки. 

https://vk.com/club73676772

Будет что-то типа программы молекулярного моделирования Авогадро, но оптимизировано под биохимию.

Подскажите, как правильно сделать алгоритм, например летит лоб в лоб водород на атом кислорода, скорость (=температура) такая-то, будет ли реакция? какие должны быть скоростя сближения? Если удар будет по касательной то в каком диапазоне скоростей произойдет реакция? .... и т.д.
 

Инфы в интернете не смогли найти. Только на вас химики вся надежда.

[Enshtein]

Подскажите, как правильно сделать алгоритм, например летит лоб в лоб водород на атом кислорода, скорость (=температура) такая-то, будет ли реакция? какие должны быть скоростя сближения? Если удар будет по касательной то в каком диапазоне скоростей произойдет реакция? .... и т.д.

 

Не претендую на доскональное знание предмета, но в химии есть понятие энергии активации. Для  атомов кислорода и водорода по-идее любая температура выше 0 и ниже температуры диссоциации полученного (хм *ОН)

[Dark Templar]

А вот еще один вопрос. Пытаясь понять это у меня все извилины наверно погорели. 
Если допустим летят лоб в лоб молекула O2 и H2, они сталкиваются (теоретически импульсы должны взаимо погаситься) в итоге получается молекула воды, которая теоретически должна двигаться помедленнее чем исходные атомы, а значит температура должна сильно упасть....  ????????? ребят, объясните мне, как так получается, что в итоге молекула уже H20, будет обладать большим импульсом???? (т.к. эта реакция на практике  идет с выделением тепла т.е.  скорость молекулы должна стать выше) 

Мягко говоря это одно и тоже, если бежать навстречу кирпичу, который движется на объект,  а после столкновения получить еще более высокую скорость??? а как же закон сохранения импульса? 

Единственное объяснение - атом кислорода, который высвобождается при реакции должен обладать еще большей скоростью, т.е. будет словно "выстрельнутый".

Подскажите где можно про это все прочитать? + Интересуют ваши мысли.

 

Изменено 30 Июля, 2014 в 13:40 пользователем Dark Templar

[NLVN]

Применительно к данной реакции она многостадийная, если память не изменяет, то порядка 7 элементарный стадий. Изучением протекания реакций во времени и их энергетических эффектов занимаются два раздела физхимии - термодинамика и кинетика. Найдите приличного физхимика - он вам все подробно объяснит. 

[Dark Templar]

Я в селе живу, где ж я его найду, вот решил тут спросить на святая так сказать всех святых на форуме Химиков

[qerik]

Есть уже такая программа, симулируют что-то вроде первичного бульона. Насколько мне известно, пару лет назад добрались до уровня пептидов и вплотную подбираются к уровню коацерватов.

[Dark Templar]

Если можно, скажите название или ссылку.

[qerik]

Не могу сказать, видел в новостях как-то, вроде по телеканалу культура.