программное обеспечение по химии

[chemlab]

С этого надо было начинать, а не набивать себе цену.

А здесь люди говорят как раз о расчёте взаимодействия нескольких атомов.

http://www.nanometer.ru/2009/03/19/nanotubes_145296.html

А почему Вы решили, что я набиваю себе цену? Ничего такого и в мыслях не было. Просто искренне захотелось объяснить человеку, что его желание оптом запрограммировать всю химию - бесперспективно, а он почему-то "полез в бутылку"

 

Вас не натораживает замечание к этой статье Симонова П.А. от 30 марта 2009 г. о том, что физико-геометрические модели объектов микромира без учета их химических свойств не корректны? В природе происходят все виды процессов взаимозависимо, это человеческий разум сначала разледил их на физические и химические, а затем, увлекшись нано-идеей :ar: , иногда забывает о последних. А химии известно, что деформированные связи гораздо более реакционноспособны, чем нормальные...

[amid]

Чтобы Вы поимели представление, какое отношение я имею к моделированию химпроцессов, вот выдержка из моего доклада на конференции о программе, моделирующей химические процессы и способной решать обратные задачи кинетики:

Незнаю у кого вы это скомуниздили или где вы это скопипастили, но в тот факт, что это ваша работа я не поверю Уж извините сильно плохое впечетление вы на меня произвели Я уверен, что человек серьезно занимающийся наукой не скрывал бы свою личность

Вы залили тему водой От вашего словестного поноса деться уже некуда

Я не слежу за орфографией в болтовне с Вами, так как считаю это бесполезным.

Теперь постораюсь выразить все тоже самое, только на вашем языке: :an:

[Sartul]

chemlab и amid, если у вас есть желание далее выяснять отношения, то продолжите их через личные сообщения.

[amid]

Кинетическая модель (КМ) каталитического процесса - важный шаг при исследовании его механизма и при переходе от лабораторного этапа разработки к (полу)промышленному. Для облегчения построения КМ сложного химического процесса нами была создана программа KinCAD, позволяющая решать прямую кинетическую задачу (ПКЗ) - нахождение функций концентраций реагентов от времени при известных кинетической модели и константах, и обратную кинетическую задачу (ОКЗ) - подбор оптимальной модели и констант при известных значениях концентраций ключевых реагентов в исследуемые моменты времени (экспериментальных точках - ЭТ).

Решение ПКЗ сводится к интегрированию системы диффуравнений по Рунге-Кутту-Флебергу 6 порядка с контролем устойчивости. Входными данными при решении ПКЗ являются: КМ процесса, начальные концентрации реагентов, константы скоростей реакций и время интегрирования. Решение ОКЗ заключается в минимизации сумм квадратов невязок между ЭТ и вычисленными значениями концентраций. Метод решения ОКЗ программой KinCAD выбирается автоматически между модифицированным методом Левенберга-Маркварда и неградиентным методом Пауэла. Входные данные при решении ОКЗ: КМ, начальные концентрации, начальные значения констант скоростей реакций и набор ЭТ.

Основная дилемма при создании подпрограммы, решающей ОКЗ состояла в выборе между интерпретацией и компиляцией КМ, т.е. между гибкостью в задании КМ и скоростью решения. При схеме с интерпретацией исполнения КМ задача не решается в обозримые промежутки времени на IBM PC. При схеме с компиляцией приходится ограничиваться некоторым количеством заранее заданных КМ. В программе KinCAD эта дилемма разрешена введением конечного автомата - транслятора, переводящего описание КМ с оригинального языка в модуль языка Pascal, который прозрачно для пользователя компилируется и линкуется с основными модулями программы, после чего программа сама перезапускается. В результате мы имеет как гибкость интерпретационной схемы, так и высокую скорость компиляции. В разрабатываемой следующей версии KinCAD’а фаза с вызовом компилятора Pascal исключена, трансляция идет непосредственно до машинных кодов, возросла скорость решения ОКЗ.

Господь с вами! Решение ПКЗ сводится к интегрированию системы диффуравнений по Рунге-Кутту-Флебергу 6 порядка с контролем устойчивости? Это написано на Pascal?? особенно улыбает "высокую скорость компиляции"!!! ржунемагу!

это из серии колдуй баба, колдуй дед

[chemlab]

Господь с вами! Решение ПКЗ сводится к интегрированию системы диффуравнений по Рунге-Кутту-Флебергу 6 порядка с контролем устойчивости? Это написано на Pascal?? особенно улыбает "высокую скорость компиляции"!!! ржунемагу!

это из серии колдуй баба, колдуй дед

Не ругайтесь! (Это я о предыдущем Вашем посте). Понимаю, с утра бывает плохое настроение, но держите себя в рамках приличия!

 

Так и было 20 лет назад, тогда Паскаль был передовым языком, правда, часть написана в машинных кодах. Я не программист, а химик, просто был участником этого проекта, было несколько версий ChemKad'a, проект длился несколько лет.

А Вы с высоты современного уровня программирования смогли бы сделать аналогичную программу? И как бы Вы разрешили проблему гибкость-производительность при решении обратных задач кинетики?

[amid]

Не ругайтесь! (Это я о предыдущем Вашем посте). Понимаю, с утра бывает плохое настроение, но держите себя в рамках приличия!

 

Так и было 20 лет назад, тогда Паскаль был передовым языком, правда, часть написана в машинных кодах. Я не программист, а химик, просто был участником этого проекта, было несколько версий ChemKad'a, проект длился несколько лет.

А Вы с высоты современного уровня программирования смогли бы сделать аналогичную программу? И как бы Вы разрешили проблему гибкость-производительность при решении обратных задач кинетики?

даже 20 лет назад был такой великолепный язык как fortran , специально оптимизированный для для научных и инженерных вычислений

любая математическая задача уже имеет решение на Фортране! это вы товарищь велосипед мастирили

Я не ругался о ранимое существо интернет фауны . Я призывал вас к конструктивному диалогу . Понимаете, что такое конструктивный диалог?

[amid]

А такого, что я имел в виду именно КАЧЕСТВЕННЫЕ ПРЕДСКАЗАНИЯ, т.е. какие именно продукты будут образовываться в результате контакта исходных веществ в заданных условиях. Понимаете, что никакой компьютер этого не способен предсказать? Ну, как с помощью компа можно вычислить, что при сильном нагревании бензола с метанолом образуется гексаметилбензол или при компримировании метана с водой - гидрат? Пожалуйста, будьте внимательнее.

хорошо, компьютер этого не может а вы сами та можете рассказать как получается "при сильном нагревании бензола с метанолом образуется гексаметилбензол или при компримировании метана с водой - гидрат?" так сказать на низком уровне????????????? :ar: Как двигаются электроны? что куда движется, перемещается? в результате чего все происходит именно так как происходит? Вы же у нас такой прошаренный во всех направлениях удивите всех!

 

Программе более 20 лет, аналога в мире до сих пор нет, существуют лишь проги для частных случаев, например, для моделирования только уравнения Михаэлиса-Ментен. Так вот, какую именно КМ ввести, может придумать только квалифицированный химик, обладающий знаниями, опытом и интуицией, вариантов-то бесконечное множество…

И это только моделирование кинетики без учета термодинамики и пространственного оформления процесса. Надеюсь, Вам понятно как все не просто с моделированием в химии?

все-таки хотелось бы узнать где сейчас она используется? она нашла практическое применение в каком-нибудь НИИ или на предприятии? или ее сделали, чтобы сделать и забыть?

 

Не собираюсь утирать никаких носов, просто обратите внимание на программы и Базы Данных, о которых я упоминал выше и попробуйте с ними ознакомиться. Когда их изучите и найдете какие-либо недостатки, тогда и поговорим. А пока что говорить просто не о чем

Не собираетесь дак и молчали бы и не умничали. А то хвастаетесь чужими работами, которые, кстати, НАШЛИ практическое применение

[chemlab]

даже 20 лет назад был такой великолепный язык как fortran , специально оптимизированный для для научных и инженерных вычислений

любая математическая задача уже имеет решение на Фортране! это вы товарищь велосипед мастирили

Я не ругался о ранимое существо интернет фауны . Я призывал вас к конструктивному диалогу . Понимаете, что такое конструктивный диалог?

Ах да, совсем забыл, первые версии (конец 80-х годов) действительно были на Фортране, но вот почему потом программисты перешли на Паскаль - не помню, что-то им там удобнее было. Так что, никакого велосипеда не было, но был мотороллер (скутер), тогда это было перспективное средство передвижения

Что такое конструктивность, мне хорошо известно :blink: . ОК, давайте не флеймить, а постить по существу

Итак, Вам известна аналогичная программа? (Об Аспене я не говорю, это монстр, к тому же не очень-то гибкий ).

[chemlab]

хорошо, компьютер этого не может а вы сами та можете рассказать как получается "при сильном нагревании бензола с метанолом образуется гексаметилбензол или при компримировании метана с водой - гидрат?" так сказать на низком уровне????????????? :ar: Как двигаются электроны? что куда движется, перемещается? в результате чего все происходит именно так как происходит? Вы же у нас такой прошаренный во всех направлениях удивите всех!

Как химик, могу ОБЪЯСНИТЬ эти превращения на качественном орбитальном уровне (есть такая - качественная теория МО, разработана специально для химиков, основоположники - Вудворд, Гофман, Салем, Фукуи, Эпиотис и др.). Иногда по аналогии получается даже немного ПРЕДСКАЗАТЬ, но далеко не всегда, даже усилием дюжины остепененных коллег

 

все-таки хотелось бы узнать где сейчас она используется? она нашла практическое применение в каком-нибудь НИИ или на предприятии? или ее сделали, чтобы сделать и забыть?

Конечно! . Все 20 лет она честно служит собственнику, учавствовала в разработке и внедрении новых химических технологий в части оптимизации техпроцессов, три копии до сих пор работают в лаборатории правообладателя каждый рабочий день.

Но, периодически возникает вопрос: а может уже появилось что-то подобное, но более совершенное, удобное и быстрое (сложные задачи на процессоре 4 ГГц, бывает, считаются по несколько суток). Слышал, например, что сейчас программисты научились использовать ОЗУ мощных видеокарт в качестве "числовой мельницы", которая по производительности приближается к небольшому суперкомпьютеру.

 

Не собираетесь дак и молчали бы и не умничали. А то хвастаетесь чужими работами, которые, кстати, НАШЛИ практическое применение

Можно ли, если я на этот месседж не буду отвечать, следуя Вашему же призыву насчет конструктивности?

[prikol]

Слышал, например, что сейчас программисты научились использовать ОЗУ мощных видеокарт в качестве "числовой мельницы", которая по производительности приближается к небольшому суперкомпьютеру.

Только не ОЗУ, а GPU. На http://www.gamedev.ru/code/articles/use_stream можно почитать.

 

Может расскажете, какую роль вы играли в разработке ChemKad'a, чем именно занимались?