Система оплаты зависит как от коллективного трудового договора, так и индивидуального. В общем схема следующая: есть определенный оклад, гарантированный при нормальной работе, и довольно большое количество вполне легальных способов подзаработать, например, система различных грантов, участие в конкурсах и т.д. и т.п.