Встраивание в ДНК

[химик-философ]

Оч специфично, так что азот может стаять там где должен. Однако встречал работу где атом кислорода замен на два атома углерода с сохранением структуры ДНК. Ссылку поищу.

J. Am. Chem. Soc. 2008. 130, 8762-8768

[ksanf]

Вот еще оказывается есть подобные препараты: 

http://www.5rik.ru/best/best-16690.html

Идоксуридин (Керецид) — синтетический аналог тимидина. Препарат встраивается в молекулу ДНК, в связи с чем подавляет репликацию некоторых ДНК-содержащих вирусов. 

http://www.abc-gid.ru/drugs/reestr/show/29445/

"Идоксуридин, очень близкий тимидину, ингибирует тимидилфосфорилазу и специфические ДНК-полимеразы, необходимые для встраивания тимидина в вирусную ДНК; встраивается в вирусную ДНК вместо тимидина, в результате этого ДНК становится дефектной и неспособной инфицировать или разрушать ткань, а вирус не может размножаться."

Но толком, т.е. однозначно, нигде не сказано, что происходит с ДНК:

- или происходит обрыв репликации в результате невозможности прицепить следующий дезоксинуклеотид к растущей цепи,

- или данная репликация доходит до конца, но нарушается следующая репликация, вроде как информация не считывается,

- или не идет транскрипция в соответствующих местах - там где встроен препарат.

Изменено 26 Марта, 2015 в 09:29 пользователем ksanf

[Corn]

Спасибо, ksanf, весьма интересно.

Немного поковырял инфу по этому идоксуридину. Вот что нашлось:

1. РЛС: "После фосфорилирования внутри клеток встраивается в ДНК вируса, которая становится дефектной и более подвержена повреждению; после нарушений транскрипции образуются дефектные вирусные белки. Активность в основном направлена против ДНК-содержащих вирусов (простого герпеса и ветрянки)."

2. Проведены МЯ-тесты на разных человеческих хромосомах, результаты здесь:

MN_Idoxuridine.pdf

Поэтому применяют его только конъюнктивально, и сразу же отменяют если не помогает.

 

Меня всё же интересуют теоретические аспекты такого "встраивания": есть ли возможность предсказать, насколько вероятно оно для конкретной молекулы?

Да и обычная интеркаляция предсказывается как-нибудь кроме "ну посмотри на эту конденсированную полиароматику - конечно, она будет интеркалировать"?

Может софт какой кто посоветует для расчета энергий взаимодействия малых молекул с ДНК?

Изменено 28 Марта, 2015 в 07:45 пользователем Corn

[Corn]

Если кому интересно, тут недавно вышла статья ни много ни мало в Nature. В кодон ДНК засунули чужеродную пару псевдонуклеотидов с совсем непохожими на природные азотистыми основаниями (блин, да они даже почти не азотистые!). И не просто засунули, а сделали так, чтобы пошла транскрипция и декодирование этого кодона в непротеиногенную аминокислоту, которая нормально вошла в состав белка.

Link: https://cen.acs.org/articles/95/i48/Chemists-engineer-bacteria-use-unnatural.html

Article: https://www.nature.com/articles/nature24659

По последней ссылке во вкладке "Figures" можно посмотреть структурки использованных "азотистых оснований". Мелко, зато бесплатно 

[Odding]

лет 15 назад, давно дело было, точно не помню, извините...

одна моя коллега хвасталась что ей удалось вставить кофеин в ДНК, если память не изменяет на место А

девушка была не только симпатичная, но и очень умная, я склонен ей верить.