Поисковая система BookViewer на защищённых от копирования архивах основана на том, что все тексты заранее проиндексированы (худо-бедно) в файлах *.box, поэтому поиск заданного текста проходит сравнительно быстро.
Сами эти файлы оказались незащищёнными, поэтому если собрать незащищённую версию программы вместе с этими файлами и номерами журнала в djvu и pdf, как сказано мною выше, можно получить полный архив с поисковиком, что я и сделал. В нём не работает поиск для номеров, начиная с 05 года, чтобы их проиндексировать, требуется программа CCT-Archive от компании Controlling Chaos Technologies.
Кроме того, на основе свободной программы Universal Viewer я собрал альтернативную поисковую систему, которая находит текст как в открытых файлах, так и в заданных папках с файлами djvu и pdf, но делает это медленнее, так как не использует заранее проиндексированные тексты.