По моему главная проблема веры – субъективный религиозный опыт, с которого вера начинается, и который ставит под сомнение её правдивость. Буддист всегда испытывает религиозный опыт в концепции своей веры (буддизма), христианин – в концепции христианства, шаман из чукотки сталкивается с околомистическим опытом также из веры связанной с его культурной средой. Никогда шаман на другом конце мира не испытает переживание связанное с христианством/исламом/буддизмом, и наоборот также.
Ну и конечно, новые теории, факты, которые религия ранее отрицала, потому что наука не пользовалась большим авторитетом, сейчас же религиозные деятели пытаются перетягивать одеяло и говорят что-то вроде "да эволюция была, но это тоже божий замысел". И пока нет резких противоречий с религиозными канонами гои хавают, ну или уходят в отрицание, что никакой эволюции на самом деле нет. Вообще религиозная литература написана удобно, метафорично, трактуй как захочется