Попробую. Но поскольку я ни разу не работа с рефрактометрическим детектором, да и пептиды (и аминокислоты) рассматривал до сих пор только как досадные помехи к нашим аналитам на обращенно-фазной ВЭЖХ, то дальше пойдут только самые общие соображения (точнее - пока только предположения. Подтверждать или опровергать их - дело хозяйское). Для качественной идентификации компонентов те рассуждения, с которых вы начали, вполне годятся. А вот при переходе к оценке концентраций - да, рефрактометр - детектор универсальный, и реагирует на все. Но если в конкретном аналите не содержится (или маловато) групп, вносящих существенный вклад в ПП - стажем, нет ароматики, линейных двойных связей, да еще и сопряженных, гетероатомов и т.д... - отклик детектора будет минимальным. Если есть чистые (стандартные) образцы интересующих вас аналитов - введите их одинаковые концентрации и определитесь с реакцией детектора, можно будет потом ввести коэффициент относительной чувствительности и, уже с его учетом, переходить от отношения площадей (высот) пиков к реальным отношениям концентраций аналитов в матрице.