вторичная структура белка в VR

[ЖД56]

Я ищу интересную информацию, например по белкам, для веб въюера в виртуальной реальности WebXR GLMol на страничке https://www.ibiblio.org/e-notes/webxr/samples.htm (извините за ссылку, это не реклама). Маленькие модели хорошо видно в 2D.  Смотреть на клубки лент забавно, но не очень поучительно. Нужны достаточно большие и интересные модели.

Например где найти (как сгенерировать) sdf (xyz) файлы для примера спирали (alpha helix) и ленты вторичной структуры белка?

Извините, я "полупроводниковый" физик.

Евгений Демидов

[chemister2010]

Про вот это: https://ru.wikipedia.org/wiki/Protein_Data_Bank

вы уже знаете?

[ЖД56]

да, pdb модели (фото вверху) загружаются с этого сайта. Гугл дает множество изображений с сайта и их можно загрузить во въюер. Структура больших молекул в VR видна лучше. Но для неспециалиста хочется чегото понятного и полезного. Самым простым кажется продемонстрировать, что означают различные ленты. Далее - взаимодействие больших молекул, допирование, изменение структуры, анимации... У nanome.ai есть такое VR приложение, но не бесплатно. WebXR - работает в браузере + Oculus Go или Cardboard (мобильный телефон с Chrome или Firefox). Я смотрю Биохимию Северина. Поискать модель вазопрессина (из атомов)?

[ЖД56]

Я вспомнил еще любопытный пример. Как гемоглобин захватывает и отдает кислород. Изменяется ли структура молекулы при этом? Правда если молекула небольшая, то проще смотреть в 3 или 2D. Структуру большой молекулы лучше видно в VR из-за ощущения глубины (паралакса). Кстати у Oculus Go 3 степени свободы (вращения) и если двигать головой (вперед - назад), то картинка тоже смещается, что сильно заметно, когда модель близко. Можно "заехать" во внутрь большой молекулы.

[ЖД56]

Неелов 2018 "Моделирование биополимеров (руководство к практическим и лабораторным работам): Учебное пособие"

Запускаем программу, а результат в ВР очки

Чтобы соединить две аминокислоты с образованием воды (файл, руками) - Авогадро?

[ЖД56]

Вот нашел Jmol в Уфе - софт.биоуфа.рф/молекулы/. Если любопытно, лучше посмотреть на их сайте а-спираль. Никакая она не спираль, а такая плотно упакованная структура  Т.е. белок также будет плотно упакованным, а ленты - удобная схема для отображения структуры белка. VR добавлю, когда поправлю программу.