Реакция EDC и NHS друг с другом в воде без присутствия карбоновой кислоты

[ash111]

В 22.06.2025 в 12:04, Miriada сказал:

не я автор этой методики  и менять ее не могу

Я понимаю, но тут я бы все равно не согласился. У вас фиговая конъюгация, надо чтото менять.

У меня был случай что меня попросили синтезировать по методике сурфактант. Журнал был кажется Ангевандте, ну то есть хороший. Я его сделал раз, по методике, получилось чтото странное желеобразное, но я его отцентрифугировал на 10000 оборотов и вроде чтото получилось, отдал. Потом второй раз, то же самое вроде, и мне говорят - не, не подходит, сделай как в первый раз!)

И выяснилось путем восьмичасовых экспериментов ЯМР, что ни в первый, ни во второй раз вещества у меня там особо не было. Сделал так как считал нужным - и вуаля, все получилось. Так что Nature, не Nature - тебе важен результат же, а не чей-то там описанный эксперимент. Руки откуда надо растут, а результата нет - значит надо менять метод)

[Miriada]

В 22.06.2025 в 19:06, ash111 сказал:

Есть вариант попробовать просто EDC, без NHS. Просто EDC, сам по себе - тоже каплинг-агент, он применяется для получения амидов абсолютно нормально. Ну и опять же если он остается незадействованным с наночастицами, то он будет образовывать с инсулином устойчивые вот такие штуки

где звездочка и NH это остаток инсулина

Тут нет ошибки? Разве не O-ацилмочевина получается? И она не стабильна, быстро гидролизуется

[ash111]

В 22.06.2025 в 12:11, Miriada сказал:

Сравнение полученных результатов с базой данных дало такой результат для первого и главного побочного продукта -  это инсулин с присоединённой пропионильной группой по глицину (B23). Второй вариант - карбометилирование того же глицина (В23).

Самое интересное оставила на потом - молодец!😄

Ну, возможно такое. NHS помимо прочего окислитель, получился условный эфир с меркаптопропионовой и NHS может окислять эту серу ну и оно разваливается на пропиоамид и некую сульфофигню, которая остается с серебром)

 

Мне сложно просто взять все эксперименты, которые сделаны,  и проанализировать их с учетом возможных процессов) как одно соответствует другому, это надо прямо разбираться чтобы каждый результат неким одним процессом можно было объяснить. Но для этого есть руководитель группы, можно с ним это все пройти по частям и посмотреть какие вещи из ранее описанного наиболее обще описывают картину того, что наблюдается)

[Miriada]

В 22.06.2025 в 19:24, ash111 сказал:

Самое интересное оставила на потом - молодец!😄

Ну, возможно такое. NHS помимо прочего окислитель, получился условный эфир с меркаптопропионовой и NHS может окислять эту серу ну и оно разваливается на пропиоамид и некую сульфофигню, которая остается с серебром)

 

Мне сложно просто взять все эксперименты, которые сделаны,  и проанализировать их с учетом возможных процессов) как одно соответствует другому, это надо прямо разбираться чтобы каждый результат неким одним процессом можно было объяснить. Но для этого есть руководитель группы, можно с ним это все пройти по частям и посмотреть какие вещи из ранее описанного наиболее обще описывают картину того, что наблюдается)

Самое интересное - это то, что эти две модификации инсулина образуются, даже если я не добавляю наночастицы с меркаптопропионовой кислотой. ТО есть модификации появляются от NHS и EDC

[ash111]

В 22.06.2025 в 12:17, Miriada сказал:

Тут нет ошибки? Разве не O-ацилмочевина получается? И она не стабильна, быстро гидролизуется

Конечно, O-ацил тоже может получиться. Мне просто лень смотреть молекулу инсулина, сколько там каких групп) все что нуклеофильное, по дииминовому углероду может присоединяться

В 22.06.2025 в 12:26, Miriada сказал:

Самое интересное - это то, что эти две модификации инсулина образуются, даже если я не добавляю наночастицы с меркаптопропионовой кислотой. ТО есть модификации появляются от NHS и EDC

И у обеих одинаковый мольвес, правильно понимаю?

[ash111]

Посчитал) у инсулина условно три свободных аминовых остатка и пять кислотных (имидазол не считаем за амино). Вот как раз возможно лишние два карбоксильных остатка реагирует и получается два продукта побочных. Но это все очень на пальцах, в белках так нельзя по хорошему рассуждать, потому что там клубок, конформация, и что из этих групп активно, а что нет - очень сложный вопрос

[Miriada]

В 22.06.2025 в 19:28, ash111 сказал:

Конечно, O-ацил тоже может получиться. Мне просто лень смотреть молекулу инсулина, сколько там каких групп) все что нуклеофильное, по дииминовому углероду может присоединяться

И у обеих одинаковый мольвес, правильно понимаю?

Да, сильно от самого инсулина не отличаются.

Например, поиск показывает такие модификации в области GFFYTK для главного побочного продукта:  
 57.021457 Da Carbamidomethyl (N-term)  1x57.021464 Da  Gly->Asn  и 56.026217 Da Propionyl (N-term) 

 

Изменено 22 Июня, 2025 в 09:51 пользователем Miriada

[Miriada]

Еще так странно получается если добавлять инсулин быстрее обычного к наночастицам и буферу, то концентрация инсулина в продукте повышается, а концентрация примесей уменьшается в конечном продукте.
И если на стадии активации  в воду сначала добавлять NHS, а потом EDC, концентрация чистого инсулина в продукте повышается на 35%, а концентрация основного побочного продукта уменьшается на 17%. 

Я также заметила, что эти побочные продукты и чистый инсулин находятся в неком равновесии: например после диализа концентрация чистого инсулина возрастает на 24%, а суммарная концентрация этих двух модификаций уменьшается на 24%. 

[ash111]

В 22.06.2025 в 12:39, Miriada сказал:

Да, сильно от самого инсулина не отличаются.

Например, поиск показывает такие модификации в области GFFYTK для главного побочного продукта:  
 57.021457 Da Carbamidomethyl (N-term)  1x57.021464 Da  Gly->Asn  и 56.026217 Da Propionyl (N-term) 

 

Ставлю на пропиоамид) неоткуда там взяться карбамидометилу особо) ну это ж глицин привешивается. Изомеры тоже подумал, может мочевина какая то образуется, не, из этих входящих ниче не подходит.

Пробуй без NHS!) мне кажется он чтото там окисляет

Либо на самих частицах уже произошло какоето окисление и появилась свободная непривязанная к Ag2S пропионовая кислота 

[Miriada]

- При полном исключении EDC и NHS продукт становится чистым: на HPLC-UV наблюдается только один пик инсулина, обе примеси полностью исчезают.

 

- При снижении загрузки EDC и NHS в 2 раза концентрация чистого инсулина увеличивается на 50%, концентрация первого побочного продукта снижается на 50%, а второго — на 38%.

 

 

В 22.06.2025 в 19:54, ash111 сказал:

Ставлю на пропиоамид) неоткуда там взяться карбамидометилу особо) ну это ж глицин привешивается. Изомеры тоже подумал, может мочевина какая то образуется, не, из этих входящих ниче не подходит.

Пробуй без NHS!) мне кажется он чтото там окисляет

Да, я как раз хотела провести два контрольных эксперимента - один только с NHS, а другой только с EDC, чтобы понять, кто виноват