igorchem

А как в ней искать, если Вы знаете структуру вещества, но не сразу можете назвать по номенклатуре его? Например, Trishomocubane, это который C11H14? У нас - все просто, зная структурную формулу мы замечаем, что там есть С5, С6 и С8 циклы, вводим такие структуры во вспомогательный поиск, после этого ищем сам Trishomocubane, и в конце получаем 2D и 3D структуры и ссылку на PubChem.

Спасибо большое за отзыв! Во-первых, у нас есть поиск по базе на основе нескольких фрагментов молекул, то есть если Вы в дополнительном поиске (auxilarty search) выберете несколько фрагментов, которые Вы ожидаете иметь в Вашей молекуле, то Вы можете найти соответствующую молекулу и посмотреть ее первые несколько конформеров. Большая часть конформеров сейчас - это те самые конформеры, что есть в базе PubChem, но мы выполняем расчеты тех молекул, что не вошли в стандартный PubChem набор ограниченный полем MMFF94s и дополняем эту базу конформерами на основе GAFF, а также планируем обобщить ММ для хорошего описания молекул в том числе с тяжелыми атомами - что-то скрещенное между GAFF и UFF, но с учетом миллионов уже известных данных. DFT с Хартри-Фоками тоже имеются, на сколько мы будем быстро проверять конформеры на полуэмпирике или ab initio, вопрос только времени. Мне на данный момент интересно что конкретно интересует людей во время такого поиска, ибо у нас имеется масса алгоритмов быстрого поиска: 1. как по радикалам, 2. по фрагментам молекул, 3. по молекулам без учета водородов (или любых других односвязных атомов), 4. по диапазонам числа определенного типа атомов, или любой комбинации из этих поисков. Поэтому мне бы хотелось бы дать пользователю удобный интерфейс ко всем этим алгоритмам с учетом нужд обычного химика. Собственно в этом и была суть этого поста. Как я и говорил в первом сообщении, мы планируем поддерживать эту базу у нас сайта всегда бесплатно.

должны не хамить - это стандартное правило любого форума

Так рекламки в том числе и в википедии все читать умеем, а где патенты-то? Где статейки-то? У МДЛ, хоть вроде и в США сидит, я как-то патентов не нашел, я плохо искал, или они патенты в каких-то левых не американских юриздикциях подают? Или надо сразу говорить не МДЛ, а Эльсивер, не так ли? Вы все-таки по существу говорите, а то хаить анонимно из-за угла - это русская народная традиция, а вот по существу сказать, в данном конкретном случае, перечислить что у Эльсивера есть такого крутого, чего у нас нет, это да, мне будет очень интересно - мы все с вами послушаем и конструктивно всем форумом обсудим. Я полностью открыт к обсуждениям, при одном условии - Вы доказываете, что у нас асимптотика поиска хуже, но именно научно (Вы наверное все-таки или ученый или когда-то где-то учились), применяя научные методы доказательств, а не тыканья, что де они известные, я мы - нет.

а я разве говорил, что быстренько слепили? Сравнение структур с почти линейной сложностью, индексация по простым радикалам, индексы по типам структур, быстрые алгоритмы слияния индексных таблиц, учет процессорных кешей, распараллеливание по всем ядрам сервера, на котором крутится, оно ж, как Вам должно быть понятно, не быстро программируется и действительно не каждый даже этими знаниями-то обладает, чтоб даже начать, не говоря уж о том, чтобы сделать. Кстати, а об используемых алгоритмах в ISISBASE, набросайте, пожалуйста, doi или номерков патентов, любопытно будет почитать и понять чем мы лучше.

Спасибо большое, Jeffry, за отзыв! Да, с брутто формулой - заумно получилось. Хотел указать, что тут можно ввести не только брутто-формулу, но также указать диапазоны значений для каждого элемента, то есть C12H22O11 - это просто брутто формула, а C12H20-20O11, это все с 12 углеродами, 11 кислородами и 20-22 водородами, а если поставить чекбокс - то и все остальные элементы, не указанные в брутто-формуле тоже допускаются. Для более-менее больших молекул , где-то от 10 углеродов просто брутто формула даже с очень узкими диапазонами по массе и числу атомов - это уже тысячи и десятки тысяч молекул. Без вспомогательного поиска по радикалам и функциональным группам тут получается очень все не просто. А вот вспомогательный поиск позволяет найти несколько групп и использовать их как составные части, то есть можно например, найти COOH, C6H5 и после этого искать все, что содержит оба таких радикала. Таблица распространенных радикалов у меня уже есть, надеюсь ее встроить в этот поиск на днях.

спасибо большое за отзыв! Да, полностью с Вами согласен, отключил пока отображение совсем не от мира сего структур, оставив только те, для которых есть конформеры. Хотя там всяко куча не реальных перекисей, которые только в жидком гелии живут, так и осталось, но, пока, по-другому, отсортировать не додумался.

Спасибо большое за отзыв! Пробелы убрали, теперь можно даже COOH написать, все должно работать, опечатку исправил, цель - сейчас мы планируем выполнять у себя большое число мол-механических и DFT расчетов и дополнять эту базу своими расчетами. Пока она базируется на PubChem. Так как эти расчеты делаются для другого проекта, где эти расчеты в явную не видны, возникла идея выкладывать это все в открытую всем бесплатно, поэтому и возникла эта база. На данный момент в базе есть быстрый поиск по нескольким фрагментам, что реализовано в auxilary search, вот как сделать это понятным для всех - это для меня сейчас основной вопрос, похоже я с первого раза не смог, но с Вашими советами, очень надеюсь, что получится.

Спасибо большое за отзыв! C18H36 в нашей базе встречается больше 1000 раз, надо бы как-то ограничить, чтобы найти что-то интересное. Например, Вы можете поискать только те, что содержат трехчленные циклы, в этом случае, во вспомогательном поиске выберете, пожалуйста, C3, а когда найдете трехчленный цикл (правда с двойными связями), Вы можете его импортировать в основной поиск предварительно нажав кнопку X - Bonds (чтобы двойные связи игнорировать). Тогда во вспомогательном поиске появится еще 57449547B и поиск C18H36 стал существенно интереснее. Спасибо большое за отзыв! Согласен, там много молекул совсем не от мира сего. Обычно, если для молекулы нет конформеров (под картинкой кнопка 2D не содержит ни одной записи Conformer #1...), то такие молекулы существуют или в виде интермедиатов, или на бумаге. Планирую на днях в первую очередь показывать то, что содержит конформеры, и только потом - все остальное.

Спасибо большое за отзывы, в старом варианте надо было разделять пробелами группы атомов, сейчас исправил. Ключевая идея при поиске - это вначале выбрать те функциональные группы, что есть в молекуле для поиска, и потом сделать такой поиск. Например, мы хотим найти все, что содержит COOH, CH3, NH2 группы и имеет не много атомов. В этом случае вводим поочередно в Auxilary Search 1. COOH , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 54723866, 2. CH3 , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 3034819, 3. NH2 , выбираем Import to Main Search, тогда в Functional Groups добавляется CID номер 5460608, Теперь мы хотим найти молекулы, которые содержат эти функциональные группы (в Functional Groups у нас из-за вспомогательного поиска осталось 54723866,3034819,59342537) , причем мы хотим найти молекулы, у которых есть от 2 до 8 атомов углерода и от 1 до 5 атомов фтора, тогда в первой строке мы запишем: C2-8 F1-5 и нажимаем поиск. Получается 11 молекул. У тех, у которых есть конформеры, при переключении на конформеры Вы можете мышкой повернуть и посмотреть на молекулу с разных сторон.

Спасибо большое за ответ! Прикольно, не знал, что у вас так билайн поступает. Скажите, пожалуйста, мне очень интересно, а другие провайдеры тоже так блокируют? Спасибо!

Добрый день, предлагаю Вашему вниманию предварительный релиз базы данных химических веществ с поиском по функциональным группам, на данный момент в ней 103 миллиона молекул и около 500 миллионов конформеров, которая основана на данных PubChem и которую мы планируем сами дополнять новыми данными и расчетами. https://www.elegant-nmr.com/mdb/ Мы планируем эту базу всегда поддерживать бесплатно у нас на сайте. С радостью выслушаю критику, замечания, отзывы, советы. Спасибо! С уважением и с наступающими Новогодними праздниками!

Добрый день, досталось несколько кварцевых капилляров, внутреннего диаметра 280мкм и длиной 1м. Хотел из них сделать газовый и жидкостный хроматографы для своих нужд. Капилляры пока еще ничем не привиты. Кондуктометрический датчик для жидкостной имеется, для газовой думаю, газоадсорбционный быстро сколхожу. Скажите, пожалуйста, сколько у меня на таком капилляре примерно хроматографических тарелок без стационарной фазы? А сколько будет если привить, и чем? Формулки вычисления числа тарелок по ширине пика и времени удерживания мне знакомы, но хочется изначально оценить сколько есть, до проведения экспериментов. Спасибо! Игорь