Запуск программы Priroda в виндовсе

[Nimicus]

Добрый день, коллеги!
Не мог бы кто-то привести актуальную инструкцию, как запустить Природу на компьютере с операционкой Windows 10? Знаю, что есть страница https://rad.chem.msu.ru/~laikov/p_w/, откуда ее можно скачать, но там ряд файлов (p1.exe, p1_190306.exe, p_190306.exe, xm.exe, cygwin1.dll) и решительно непонятно, что с этим делать. Раньше с Природой дела не имел, к сожалению. Спасите нуба, умоляю?

[BP2]

В 17.11.2023 в 16:27, Nimicus сказал:

Добрый день, коллеги!
Не мог бы кто-то привести актуальную инструкцию, как запустить Природу на компьютере с операционкой Windows 10? Знаю, что есть страница https://rad.chem.msu.ru/~laikov/p_w/, откуда ее можно скачать, но там ряд файлов (p1.exe, p1_190306.exe, p_190306.exe, xm.exe, cygwin1.dll) и решительно непонятно, что с этим делать. Раньше с Природой дела не имел, к сожалению. Спасите нуба, умоляю?

поставь линукс в виртуальную машину и там запусти природу свою

[RET]

Не знаю что за прога, может она под низшие версии виндовс.

Есть такое когда новая виндов = все старые проги превращаются в кирпич

VirtualBox с образами winXp win7 win8 в какой-то заработает

10 - не очень хороша

[Trepetsky]

17.11.2023 в 15:27, Nimicus сказал:

Добрый день, коллеги!
Не мог бы кто-то привести актуальную инструкцию, как запустить Природу на компьютере с операционкой Windows 10? Знаю, что есть страница https://rad.chem.msu.ru/~laikov/p_w/, откуда ее можно скачать, но там ряд файлов (p1.exe, p1_190306.exe, p_190306.exe, xm.exe, cygwin1.dll) и решительно непонятно, что с этим делать. Раньше с Природой дела не имел, к сожалению. Спасите нуба, умоляю?

Тоже не сталкивался с Природой, но есть довольно активная квантово-химическая чатилка в телеге, задайте там вопрос.

https://t.me/theorchemchat

[Никитин]

17.11.2023 в 15:27, Nimicus сказал:

Не мог бы кто-то привести актуальную инструкцию, как запустить Природу на компьютере

Приготовьтесь..... готовы?

Как ей пользоваться, алгоритм

Пусть нам нужно выполнить минимизацию энергии для какой-либо молекулы.

1. Приготовить координаты ее в формате XYZ. Правильный формат XYZ -- это тот который читается MOLDEN.
2. Сделать файл с группой $molecule из файла XYZ, при помощи скрипта xyz2pri.
3. Дописать в этот файл необходимые группы с ключевыми словами. Можно приготовить их заранее в файле, скажем, header.txt и каждый раз склеивать его командой cat с переадресацией вывода. Сначала обычно делается task=optimize.
4. Проверить и установить в нем правильные charge= и multiplicity=. Установить set= при необходимости.
5. Запустить задачу в очередь командой pbspriroda6
6. Получив выводной файл, искать в нем строку OPTIMIZATION CONVERGED.
7. Если OPTIMIZATION CONVERGED не найдена то извлечь из файла вывода последнюю геометрию командой lastgeo и дозаписать ее во входной файл; удалить из входного файла старую группу $molecule. Вернуться к шагу 4!
8. Если OPTIMIZATION CONVERGED найдена то извлечь из файла вывода последнюю геометрию командой lastMOL и дозаписать ее во входной файл; удалить из входного файла старую группу $molecule.
9. Изменить во входном файле task=optimize на task=hessian
10. Запустить задачу в очередь командой pbspriroda6
11. Получив выводной файл, искать в нем строку Normal Mode.
12. Ниже нее по тексту находятся частоты нормальных колебаний. Проверить, что все они положительны.
13. Если нет, то то извлечь из файла вывода последнюю группу $Energy командой lasteng и дозаписать ее во входной файл. Изменить task=hessian обратно на на task=optimize и вернуться к шагу 5!
14. Если да, то -- Ура! Получился минимум. Можно искать в этом файле строку ZPVE и рядом с ней будут нужные значения электронной энергии, энтропии, поправок энтальпии и свободной энергии. Можно конвертировать последнюю геометрию в формат XYZ для просмотра в MOLDEN, командой pri2xyz. Писать статьи, защищать диссертации, получать гранты и премии.

http://limor1.nioch.nsc.ru/priroda.html

https://web.archive.org/web/20120622193122/http://wt.knc.ru/wiki/index.php/Priroda_для_самых_маленьких

https://cyberleninka.ru/article/n/novye-vozmozhnosti-obolochki-p-autoextremum-dlya-avtomatizatsii-iteratsionnogo-algoritma-issledovaniya-ppe-s-pomoschyu-programmy?ysclid=lp3586gjdo626183638

https://cyberleninka.ru/article/n/ispolzovanie-kvantovo-himicheskoy-programmy-priroda-v-obrazovatelnom-protsesse-kafedry-tnvm-knitu?ysclid=lp35is6oa6563356632

и так далее....

Это беглый поиск. Ею не пользовался, узнал о программе полчаса назад с ваших слов.  От себя скажу, что с первого взгляда впечатление такое как будто автор не хочет писать нормальный интерфейс (об этом говорят 14 пунктов выше), а полностью сосредоточен на математике. Я когда-то немного играл с Gaussian - там попроще все, по крайней мере распространяется пакетом... (готова к работе) 

 

 

[Никитин]

Доброе утро!

Похоже саму программу, точнее пакет надо спрашивать у автора - Лайкова (либо у тех, кто работал с ней). Просто так страницы загрузки нет.

Вот архив старого форума по ней.

https://web.archive.org/web/20120624114908/http://www.qchem.ru/f/kvantovo-khimicheskie-programmy/kvantovo-khimicheskaya-programma-priroda

 

https://web.archive.org/web/20120622202410/http://wt.knc.ru/wiki/index.php/Priroda_Documentation

http://www.qchem.ru/d/articles/software/priroda/2004_LaikovDN_Priroda04_aqcps_Npitsomswtaopc_rus.pdf