Покритикуйте, пожалуйста, нашу бесплатную базу на пол миллиарда конформеров

[химхлам]

Начните с Вики: https://en.wikipedia.org/wiki/MDL_Information_Systems

Удивительно, что Вы не знаете ту область (химическая информатика), в которой собираетесь "творить".

[igorchem]

24 минуты назад, химхлам сказал:

Удивительно, что Вы не знаете ту область (химическая информатика), в которой собираетесь "творить".

Так рекламки в том числе и в википедии все читать умеем, а где патенты-то? Где статейки-то? У МДЛ, хоть вроде и в США сидит, я как-то патентов не нашел, я плохо искал, или они патенты в каких-то левых не американских юриздикциях подают?

 

Или надо сразу говорить не МДЛ, а Эльсивер, не так ли?

 

Вы все-таки по существу говорите, а то хаить анонимно из-за угла - это русская народная традиция, а вот по существу сказать, в данном конкретном случае, перечислить что у Эльсивера есть такого крутого, чего у нас нет, это да, мне будет очень интересно - мы все с вами послушаем и конструктивно всем форумом обсудим.

 

Я полностью открыт к обсуждениям, при одном условии - Вы доказываете, что у нас асимптотика поиска хуже, но именно научно (Вы наверное все-таки или ученый или когда-то где-то учились), применяя научные методы доказательств, а не тыканья, что де они известные, я мы - нет.

[химхлам]

Я Вам ничего не должен, ищите и обрящите.

[igorchem]

17 минут назад, химхлам сказал:

Я Вам ничего не должен, ищите и обрящите.

 

должны не хамить - это стандартное правило любого форума

[yatcheh]

19 минут назад, igorchem сказал:

 

должны не хамить - это стандартное правило любого форума

 

Если без хамства, то мне немного неясно, что же предлагает ваша база. Набор рисунков молекул? Я и сам могу их нарисовать. Вычисленные константы (по большому счёту - никому не нужные)? Так их вычислить и без вашей базы несложно. 

Я могу ввести формулу вещества, и получить отчёт о физических свойствах в виде - температура плавления, кипения, разложения, теплота испарения, теплота образования, растворимость?

Полмиллиарда конформеров - нахера они мне, как химику? Конформеры я и сам могу нарисовать. Вы мне свойства дайте! Физические свойства! 

Вот http://chemister.ru/Database/search.php - вот это база! Дня не проходит, шоб я тудой не сунулся. А полмиллиарда картинок...

Изменено 28 Декабря, 2020 в 19:39 пользователем yatcheh

[igorchem]

1 час назад, yatcheh сказал:

мне немного неясно, что же предлагает ваша база. Набор рисунков молекул? Я и сам могу их нарисовать. Вычисленные константы (по большому счёту - никому не нужные)? Так их вычислить и без вашей базы несложно. 

Спасибо большое за отзыв!

 

Во-первых, у нас есть поиск по базе на основе нескольких фрагментов молекул, то есть если Вы в дополнительном поиске (auxilarty search) выберете несколько фрагментов, которые Вы ожидаете иметь в Вашей молекуле, то Вы можете найти соответствующую молекулу и посмотреть ее первые несколько конформеров.

 

Большая часть конформеров сейчас - это те самые конформеры, что есть в базе PubChem, но мы выполняем расчеты тех молекул, что не вошли в стандартный PubChem набор ограниченный полем MMFF94s и дополняем эту базу конформерами на основе GAFF, а также планируем обобщить ММ для хорошего описания молекул в том числе с тяжелыми атомами - что-то скрещенное между GAFF и UFF, но с учетом миллионов уже известных данных. DFT с Хартри-Фоками тоже имеются, на сколько мы будем быстро проверять конформеры на полуэмпирике или ab initio, вопрос только времени.

 

Мне на данный момент интересно что конкретно интересует людей во время такого поиска, ибо у нас имеется масса алгоритмов быстрого поиска:

 

1. как по радикалам,

2. по фрагментам молекул,

3. по молекулам без учета водородов (или любых других односвязных атомов),

4. по диапазонам числа определенного типа атомов,

или любой комбинации из этих поисков.

 

Поэтому мне бы хотелось бы дать пользователю удобный интерфейс ко всем этим алгоритмам с учетом нужд обычного химика. Собственно в этом и была суть этого поста.

 

Как я и говорил в первом сообщении, мы планируем поддерживать эту базу у нас сайта всегда бесплатно.

[igorchem]

2 часа назад, yatcheh сказал:

Вот http://chemister.ru/Database/search.php - вот это база! Дня не проходит, шоб я тудой не сунулся. А полмиллиарда картинок...

А как в ней искать, если Вы знаете структуру вещества, но не сразу можете назвать по номенклатуре его? Например, Trishomocubane, это который C11H14?

 

У нас - все просто, зная структурную формулу мы замечаем, что там есть С5, С6 и С8 циклы, вводим такие структуры во вспомогательный поиск, после этого ищем сам Trishomocubane, и в конце получаем 2D и 3D структуры и ссылку на PubChem.

Изменено 28 Декабря, 2020 в 21:37 пользователем igorchem

[химхлам]

11 часов назад, igorchem сказал:

 

должны не хамить - это стандартное правило любого форума

Где Вы увидели хамствр, в моём утверждении, что я Вам а приори ничего не должен (как, впрочем, и Вы мне)? Это констатация факта, не более и не надо искать тут подвоха.

В статье Википедии достаточно отправной информации. Посетите их сайт, там много чего есть, фирма долго и фундаментально разрабатывала механизм записи и поиска хим. информации. Все химики мира давно привыкли к этому механизму,  Ваш же велосипед вряд ли захотят использовать, о чём Вам говорят и другие коллеги.

[igorchem]

5 часов назад, химхлам сказал:

Посетите их сайт, там много чего есть,

MDL исчезла с рынка уже 7 лет назад, их сайт mdl.com сайт давно захвачен доменными перепродавцами, скорей всего это означает, что фирма банкротилась, а не продавалась. Фирмы уходят, приходят на их место другие, это нормальная конкуренция. Раньше на счетах считали, а теперь используем суперкомпьютинг и заменяем целый НИИ.

 

Для того чтобы дискутировать, надо никогда не недооценивать соперника. Про наш велосипед Вы мало чего знаете, Вы услышали только звонок от велосипеда. Поэтому дискутировать дальше бессмысленно. Люди пользуются программой и говорят спасибо. Тем более, что пользование бесплатно.

[химхлам]

Сейчас в этом направлении работает эта фирма: https://en.wikipedia.org/wiki/BIOVIA

Обратите внимание на их бюджеты и численность персонала. Вы прямо таки гений, если хотите в одиночку их догнать и обогнать. Но Ваш велосипед мне, практику (впрочем, и другим), совсем не интересен, поэтому я и не собираюсь в нём разбираться, поработав со средствами передвижения, имеющими клаксоны.