Моделирование масс-спектра молекул

[Linkey]

Я сделал в своей программе утилиту для масс-спектрометристов: вы можете в ней ввести брутто-формулу, и программа построит масс-спектр молекулярного иона этой молекулы, с учётом стандартного распределения атомов по изотопам. Также вы можете ввести положение пика в вашем масс-спектре, и программа перечислит все возможные осколочные ионы, которые могут дать такой пик.

Тут однако возникает проблема - если просто перечислять все брутто-формулы, программа выдаст много неправильных ионов, которые не могут образоваться в реальном масс-спектре. Как вариант решения этой проблемы, я сделал возможность отсеять все перегруппировочные ионы (тогда надо вводить не только брутто-формулу, но и структуру молекулы). Но мне сказали, что вообще перегруппировочные ионы встречаются в реальных спектрах довольно часто. И я думаю, что может быть оптимальным такой алгоритм:

Программа берёт вашу молекулу, скажем эту:

 

Далее программа перебирает все пары связей, удаляет их, и смотрит какие образуются осколки при перекомбинации фрагментов. Например, когда она в этой молекуле удаляет связи C1-C10 и C4-C20, образуются три фрагмента, которые могут дать такие варианты перегруппировочных ионов:

 

 

И эти все варианты надо рассмотреть алгоритмом как возможные источники пика в масс-спектре. Сгодится такой алгоритм?

Если я выложу тут ссылку на свою программу, или хотя бы напишу её название - это не будет считаться спамом?

[yatcheh]

Насколько я помню, программный анализ масс-спектров основывается на полуэмпирике. Т.е. помимо чистой спекуляции, используются и базы данных реальных спектров.

Вы же предлагаете подход абсолютно формальный, вряд ли он будет эффективен для болимение сложных молекул.

[Malika76]

В 13.06.2024 в 16:36, Linkey сказал:

.....

Если я выложу тут ссылку на свою программу, или хотя бы напишу её название - это не будет считаться спамом?

Давайте ссылку для скачки, с удовольствием потестю вашу программу))). Надеюсь она бесплатная или есть хотя бы триальная версия.... Если боитесь тут ссылку выложить киньте в личку.

Если программа некоммерческая то спамом считаться не будет, а если платная то у админов спрашивайте....

[chemister2010]

Кажется вам нужно прочитать книгу Сильверстейна. Там есть набор правил как фрагментируются молекулы в масс-спектрометрии. Тогда от вашей программы будет толк. А просто перебирать все комбинации отрываемых атомов - бессмысленно.

[Linkey]

В 13.06.2024 в 18:55, Malika76 сказал:

Давайте ссылку для скачки, с удовольствием потестю вашу программу))). Надеюсь она бесплатная или есть хотя бы триальная версия.... Если боитесь тут ссылку выложить киньте в личку.

Если программа некоммерческая то спамом считаться не будет, а если платная то у админов спрашивайте....

Ну платная. Дам название: Chemcraft, билд 709. Нагуглите.

Программой можно бесплатно пользоваться в течении полгода, и я часто даю бесплатно ключ за помощь, подсказки по развитию программы.

Изменено 14 Июня, 2024 в 07:36 пользователем Linkey

[Linkey]

В 13.06.2024 в 20:09, chemister2010 сказал:

Кажется вам нужно прочитать книгу Сильверстейна. Там есть набор правил как фрагментируются молекулы в масс-спектрометрии. Тогда от вашей программы будет толк. А просто перебирать все комбинации отрываемых атомов - бессмысленно.

 

Я предлагаю не комбинации отрываемых атомов, а комбинации разрываемых связей.

В программе можно будет указать, сколько связей можно разорвать. Точнее, возможно правильнее будет указать это число дважды - для одинарных связей и остальных. И будет галочка "Check recombination ions" или как это назвать, с ней программа будет обратно совмещать разорванные куски.

Насколько сгодится такой алгоритм?

[chemister2010]

В 17.06.2024 в 15:14, Linkey сказал:

 

Я предлагаю не комбинации отрываемых атомов, а комбинации разрываемых связей.

В программе можно будет указать, сколько связей можно разорвать. Точнее, возможно правильнее будет указать это число дважды - для одинарных связей и остальных. И будет галочка "Check recombination ions" или как это назвать, с ней программа будет обратно совмещать разорванные куски.

Насколько сгодится такой алгоритм?

 

Более важно не сколько связей порвется, а какие и в каком порядке. От этого зависит масс-спектр. В принципе основные правила уже подобраны эмпирически