"Молекулярные отпечатки пальцев" биологически активных соединений

[Eridu]

Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь  программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? 

[mypucm]

На чем Вы эти отпечатки печатать хотите? Какой метод обнаружения? Хроматография? ЯМР? ИК-спектроскопия? У Вас там в органах обычно собачки используются, они сразу все находют!

[Arkadiy]

Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь  программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ?

ИК-спектрометр вам в руки и коллекцию биологически активных веществ и снимайте, снимайте, снимайте спектры, а "отпечатки пальцев" старый жаргонизм ИК-спектральщиков

[yatcheh]

Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь  программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? 

 

 

ИК-спектрометр вам в руки и коллекцию биологически активных веществ и снимайте, снимайте, снимайте спектры, а "отпечатки пальцев" старый жаргонизм ИК-спектральщиков

 

Топикстартеру требуется куда больше, чем вы предлагаете. Он хочет нарисовать структуру (в чемскетче) и получить на выходе "отпечатки пальцев" ниже 700 обратных сантиметров.

Я тоже хочу такую программу! Ещё хочу, шоб ЯМР рисовала, и УФ, и вообще - хочу центрифугу, как в сериале "След" - шоб сразу, и элементный, и функциональный анализ, и - структуру, сука, шоб сразу давала. Мечта у меня такая. 

[Eridu]

Я имею ввиду не область "молекулярных отпечатков пальцев"  в ИК-спектрах соединений , а молекулярные скрины, т,е.  так называемые  бинарные фрагментные дескрипторы  -показывающие содержится ли данный фрагмент ( подструктура) в структурной формуле т.е. содержится ли  данный подграф в молекулярном графе описывающем данное соединение.

[Arkadiy]

Вы хотите сказать функциональная группа? или что то еще? Фрагментом структуры алкана можно считать любой радикал, который можно выделить из его структуры. и вам нужен спектр с дескрипторами ко всем возможным радикалам например алкана С22Н46?

[Eridu]

Вы хотите сказать функциональная группа? или что то еще? Фрагментом структуры алкана можно считать любой радикал, который можно выделить из его структуры. и вам нужен спектр с дескрипторами ко всем возможным радикалам например алкана С22Н46?

Нет. Имеется ввиду не функциональная группа, а именно наличие того или иного подгарфа в исходном графе того или иного соединения. В данном случае используются методы теории графов. К спектральным методам анализа это не имеет никакого отношения. Понятие " молекулярных отпечатков пальцев" относится к хемоинформатике, где и  используется в  сравнительном  анализе структуры  биологически активных соединений На основании данных, полученных при подобном анализе рассчитывается  коэффициент Танимото( коэффициент структурного подобия).

[Arkadiy]

Нет. Имеется ввиду не функциональная группа, а именно наличие того или иного подгарфа в исходном графе того или иного соединения. В данном случае используются методы теории графов. К спектральным методам анализа это не имеет никакого отношения. Понятие " молекулярных отпечатков пальцев" относится к хемоинформатике, где и  используется в  сравнительном  анализе структуры  биологически активных соединений На основании данных, полученных при подобном анализе рассчитывается  коэффициент Танимото( коэффициент структурного подобия).

А глазами на структуру поглядеть сложно?

[Eridu]

А глазами на структуру поглядеть сложно?

На глаз определить ничего невозможно при фармакофорном поиске ( где и применяется метод "молекулярных отпечатков пальцев", т.к. исходные соединения могут очень сильно отличаться друг от друга( например, относиться к разным классам органических соединений), но иметь схожие геометрические параметры, определяемые через нахождение погдрафов  в молекулярных графах сравниваемых соединений. Кроме того, на основании молекулярного графа составляются топологические инварианты(индескы), которые также позволяют упростить поиск по базе структур  веществ обладающих схожей биологической активностью.

[химик-философ]

Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь  программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? 

Да, есть такое. К нам в лаб на тестирование устанавливали такое ПО. Не прижилось, стереохимию оно не учитывает, но не прижилось из-за не полезности. Обычно поступаем иначе. Синтезируем или выделяем соединение лидер, навешиваем на него различные группы, затем решая матричное уровненные строим корреляции многочлена дескрипторов - биологическая активность. Исходя из установленной закономерности подбираем соединение с нужными значениями дескрипторов.