Спирты по-сути слабые кислоты, а стекло гидролизуют щёлочи, а не кислоты.
Карбоновые кислоты на 5 порядков слабее диссоциируют в метаноле чем в воде, а кремниевая кислота слабее карбоновых.
Поэтому я считаю что метанол намного лучше воды и есть смысл глубоко обезвоживать его для осаждения зеркала.
При переходе на ацетон проблема диссоциации конечно будет решена идеально, но даже 5 порядков вполне достаточно, тут важней будет другой фактор - получится ли получить герметичное покрытие?