Я не являюсь специалистом в биологии, хотя в школьные годы увлекался ею, так что углубляться в дискуссию не буду, просто выскажу свое мнение. Представление о том, что одни виды - переходные, а другие - нет может проистекать из ограниченности палеонтологических данных. Эволюция может идти быстрее или медленнее в разные периоды, соответственно изменениям природных условий, виды могут вымирать или становиться примитивнее, переходя к паразитизму, например, но прерываться эволюция в принципе не может. Нефункциональные органы - это атавизмы, т.е., органы, которые имели смысл для предков, но для потомков утратили функциональность. Про то, что у организмов бывают нефункциональные белки, первый раз слышу. На них должны антитела, по идее, вырабатываться и их уничтожать.
Из одновременно существующих видов в смысле классификации переходными можно считать те, которые сочетают признаки двух других. Например, земноводных можно классифицировать как переходный тип между рыбами и пресмыкающимися. Но современные земноводные, разумеется, не являются эволюционно переходными видами между теми и другими, переходными видами были давно вымершие земноводные. Из-за этого может происходить путаница.
Вообще, Вы, по-моему, пытаетесь навести тень на плетень в креационистском духе.
Так имеют. Хромосомный Адам - слышали? Тогда фамилий только еще не было.