Eridu Опубликовано 18 Марта, 2016 в 08:55 Поделиться Опубликовано 18 Марта, 2016 в 08:55 Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? Ссылка на комментарий
mypucm Опубликовано 18 Марта, 2016 в 09:57 Поделиться Опубликовано 18 Марта, 2016 в 09:57 На чем Вы эти отпечатки печатать хотите? Какой метод обнаружения? Хроматография? ЯМР? ИК-спектроскопия? У Вас там в органах обычно собачки используются, они сразу все находют! Ссылка на комментарий
Arkadiy Опубликовано 18 Марта, 2016 в 18:49 Поделиться Опубликовано 18 Марта, 2016 в 18:49 Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ?ИК-спектрометр вам в руки и коллекцию биологически активных веществ и снимайте, снимайте, снимайте спектры, а "отпечатки пальцев" старый жаргонизм ИК-спектральщиков Ссылка на комментарий
yatcheh Опубликовано 18 Марта, 2016 в 19:08 Поделиться Опубликовано 18 Марта, 2016 в 19:08 Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? ИК-спектрометр вам в руки и коллекцию биологически активных веществ и снимайте, снимайте, снимайте спектры, а "отпечатки пальцев" старый жаргонизм ИК-спектральщиков Топикстартеру требуется куда больше, чем вы предлагаете. Он хочет нарисовать структуру (в чемскетче) и получить на выходе "отпечатки пальцев" ниже 700 обратных сантиметров. Я тоже хочу такую программу! Ещё хочу, шоб ЯМР рисовала, и УФ, и вообще - хочу центрифугу, как в сериале "След" - шоб сразу, и элементный, и функциональный анализ, и - структуру, сука, шоб сразу давала. Мечта у меня такая. 2 Ссылка на комментарий
Eridu Опубликовано 19 Марта, 2016 в 07:08 Автор Поделиться Опубликовано 19 Марта, 2016 в 07:08 Я имею ввиду не область "молекулярных отпечатков пальцев" в ИК-спектрах соединений , а молекулярные скрины, т,е. так называемые бинарные фрагментные дескрипторы -показывающие содержится ли данный фрагмент ( подструктура) в структурной формуле т.е. содержится ли данный подграф в молекулярном графе описывающем данное соединение. Ссылка на комментарий
Arkadiy Опубликовано 19 Марта, 2016 в 13:26 Поделиться Опубликовано 19 Марта, 2016 в 13:26 Вы хотите сказать функциональная группа? или что то еще? Фрагментом структуры алкана можно считать любой радикал, который можно выделить из его структуры. и вам нужен спектр с дескрипторами ко всем возможным радикалам например алкана С22Н46? Ссылка на комментарий
Eridu Опубликовано 19 Марта, 2016 в 19:29 Автор Поделиться Опубликовано 19 Марта, 2016 в 19:29 Вы хотите сказать функциональная группа? или что то еще? Фрагментом структуры алкана можно считать любой радикал, который можно выделить из его структуры. и вам нужен спектр с дескрипторами ко всем возможным радикалам например алкана С22Н46? Нет. Имеется ввиду не функциональная группа, а именно наличие того или иного подгарфа в исходном графе того или иного соединения. В данном случае используются методы теории графов. К спектральным методам анализа это не имеет никакого отношения. Понятие " молекулярных отпечатков пальцев" относится к хемоинформатике, где и используется в сравнительном анализе структуры биологически активных соединений На основании данных, полученных при подобном анализе рассчитывается коэффициент Танимото( коэффициент структурного подобия). Ссылка на комментарий
Arkadiy Опубликовано 19 Марта, 2016 в 22:47 Поделиться Опубликовано 19 Марта, 2016 в 22:47 Нет. Имеется ввиду не функциональная группа, а именно наличие того или иного подгарфа в исходном графе того или иного соединения. В данном случае используются методы теории графов. К спектральным методам анализа это не имеет никакого отношения. Понятие " молекулярных отпечатков пальцев" относится к хемоинформатике, где и используется в сравнительном анализе структуры биологически активных соединений На основании данных, полученных при подобном анализе рассчитывается коэффициент Танимото( коэффициент структурного подобия).А глазами на структуру поглядеть сложно? Ссылка на комментарий
Eridu Опубликовано 20 Марта, 2016 в 07:59 Автор Поделиться Опубликовано 20 Марта, 2016 в 07:59 А глазами на структуру поглядеть сложно? На глаз определить ничего невозможно при фармакофорном поиске ( где и применяется метод "молекулярных отпечатков пальцев", т.к. исходные соединения могут очень сильно отличаться друг от друга( например, относиться к разным классам органических соединений), но иметь схожие геометрические параметры, определяемые через нахождение погдрафов в молекулярных графах сравниваемых соединений. Кроме того, на основании молекулярного графа составляются топологические инварианты(индескы), которые также позволяют упростить поиск по базе структур веществ обладающих схожей биологической активностью. Ссылка на комментарий
химик-философ Опубликовано 20 Марта, 2016 в 10:16 Поделиться Опубликовано 20 Марта, 2016 в 10:16 Здравствуйте, мне хотелось бы узнать существует ли какое-нибудь программное обеспечение для конструирования "молекулярных отпечатков пальцев" биологически активных соединений, а также есть ли открытые интернет-ресурсы с базами "молекулярных отпечатков пальцев" ? Да, есть такое. К нам в лаб на тестирование устанавливали такое ПО. Не прижилось, стереохимию оно не учитывает, но не прижилось из-за не полезности. Обычно поступаем иначе. Синтезируем или выделяем соединение лидер, навешиваем на него различные группы, затем решая матричное уровненные строим корреляции многочлена дескрипторов - биологическая активность. Исходя из установленной закономерности подбираем соединение с нужными значениями дескрипторов. Ссылка на комментарий
Рекомендуемые сообщения
Для публикации сообщений создайте учётную запись или авторизуйтесь
Вы должны быть пользователем, чтобы оставить комментарий
Создать аккаунт
Зарегистрируйте новый аккаунт в нашем сообществе. Это очень просто!
Регистрация нового пользователяВойти
Уже есть аккаунт? Войти в систему.
Войти