Брутто формулы с ионами, радикалами, изотопами и их процентными соотношениями

[igorchem]

Добрый день,

 

есть стандартная нотация Хилла для описания брутто формулы. Например, уксусная кислота по такой нотации будет С₂H₄O₂.

 

Мне же хотелось бы узнать как правильно записывают ионы и изотопные варианты молекул. Пусть мы берем от уксусной кислоты ион, правильно ли я понимаю, что это будет C₂H₃OO^- а не C₂H₃O₂^-

 

А теперь с изотопами, пусть у нас в той же уксусной кислоте два водорода заменены на 50% на дейтерий.

 

Формула С₂DH₃O₂ вроде бы и верная, но хочется как-то сообщить, что С₂^{2, 50%}H₂H₂O₂ но, честно говоря, ни разу не встречал такое обозначение, и хочу понять как правильно, посоветуйте, пожалуйста!

 

И с радикалами - тоже хочется понять, вот например, CH₃CH₂* - вот как правильно его записать, С₂H₅* или таки CC*H₅?

 

Это все планируется подписывать под 3Д структурой молекулы, то есть всяко юзер сможет точно понять что есть что, но хотелось бы брутто формулу писать таки правильно и так, как это принято в настоящее время.

 

Спасибо!

Изменено 10 Апреля, 2021 в 18:01 пользователем igorchem

[yatcheh]

2 часа назад, igorchem сказал:

Добрый день,

 

есть стандартная нотация Хилла для описания брутто формулы. Например, уксусная кислота по такой нотации будет С₂H₄O₂.

 

Мне же хотелось бы узнать как правильно записывают ионы и изотопные варианты молекул. Пусть мы берем от уксусной кислоты ион, правильно ли я понимаю, что это будет C₂H₄OO^- а не C₂H₄O₂^-

 

А теперь с изотопами, пусть у нас в той же уксусной кислоте два водорода заменены на 50% на дейтерий.

 

Формула С₂DH₃O₂ вроде бы и верная, но хочется как-то сообщить, что С₂^{2, 50%}H₂H₂O₂ но, честно говоря, ни разу не встречал такое обозначение, и хочу понять как правильно, посоветуйте, пожалуйста!

 

И с радикалами - тоже хочется понять, вот например, CH₃CH₂* - вот как правильно его записать, С₂H₅* или таки CC*H₅?

 

Это все планируется подписывать под 3Д структурой молекулы, то есть всяко юзер сможет точно понять что есть что, но хотелось бы брутто формулу писать таки правильно и так, как это принято в настоящее время.

 

Спасибо!

 

Система Хилла проста, как сибирский валенок. Там не надо обозначать радикалы и анионы/катионы - там только атомы фигурируют. Перечисляете атомы в порядке системы Хилла - и всё.

А радикал это, анион, или катион - это вообще не имеет отношения к делу абсолютно никакого!

[igorchem]

39 минут назад, yatcheh сказал:

Система Хилла проста, как сибирский валенок.

Да, вы правы, система Хилла проста как сибирский валенок. Хотя, например, C₂H₃O₂  меня бы ввело в заблуждение, ибо по валентностям видно, что углерод или кислород будет иметь нечетную валентность.

 

Но, тем не менее, у меня может возникнуть (и часто возникает) молекулярная структура и с изотопами, и с радикалами (как я привел выше примеры).

 

Я такую структуру могу отобразить графически, но юзерам (да даже на форуме просили) обычно хочется видеть также брутто формулу.

 

И вот как мне эту брутто формулу с учетом всего этого отобразить? Ответ вида брутто формула без заряда и изотопов - будет вводить юзера в большущее заблуждение, даже хотя бы потому, что рядом будет стоять молекулярная масса, а она для молекул со специфичными изотопами будет существенно отличаться.

Изменено 10 Апреля, 2021 в 18:28 пользователем igorchem

[yatcheh]

19 часов назад, igorchem сказал:

Да, вы правы, система Хилла проста как сибирский валенок. Хотя, например, C₂H₃O₂  меня бы ввело в заблуждение, ибо по валентностям видно, что углерод или кислород будет иметь нечетную валентность.

 

Но, тем не менее, у меня может возникнуть (и часто возникает) молекулярная структура и с изотопами, и с радикалами (как я привел выше примеры).

 

Я такую структуру могу отобразить графически, но юзерам (да даже на форуме просили) обычно хочется видеть также брутто формулу.

 

И вот как мне эту брутто формулу с учетом всего этого отобразить? Ответ вида брутто формула без заряда и изотопов - будет вводить юзера в большущее заблуждение, даже хотя бы потому, что рядом будет стоять молекулярная масса, а она для молекул со специфичными изотопами будет существенно отличаться.

 

Вы можете просто свою систему использовать. Никто не мешает вам в дополнение к системе Хилла вводить обозначения зарядов и радикалов. 

[igorchem]

20 минут назад, yatcheh сказал:

Вы можете просто свою систему использовать. Никто не мешает вам в дополнение к системе Хилла вводить обозначения зарядов и радикалов. 

Спасибо! Да, примерно так я и хотел. Вот собственно тут и решил посоветоваться, как бы это было красивее и понятнее сделать.

 

Пока останавливаюсь на том, что после обычной брутто формулы (чтобы никого не вводить в заблуждение) у меня будет отображаться список того, что имеет специальные атомы или ионы, а графически их можно найти в молекуле кликнув на соответствующий атом.

[chemister2010]

Обычно после формулы пишут заряд или точку радикала. Так поступают в масс-спектрометрии при описании осколков.

[igorchem]

Спасибо большое, chemister2010

 

да, точно, пока примерно на таком варианте остановился, на днях новую версию базы покажу с уже встроенными такими описаниями на всеобщую критику.

[chemister2010]

Для изотопно-меченных соединений по ИЮПАК используют запись (²H₂)вода, (1,4-³H₂)бензол. Для брутто-формул используется аналогичная запись, где перед формулой, в скобках указывают позиции и степень замещения. В структурных формулах указывают конкретные замещенные атомы. 

Изменено 15 Апреля, 2021 в 17:44 пользователем chemister2010