Структура гема

[Шарль де голль]

Пожалуйста, объясните, как Fe (2) связывается с азотом порфирина, с гистидином и кислородом. Где-то пишут, что 2 связи железа с азотами ковалентные, остальные 4 связи железа донорно-акцепторные, в другом источнике все 6 связей называются координационными (тогда с чем связываются те 2 электрона Fe, чей уход окисляет Fe?) 

Везде даются только названия связей, а какие электроны образуют ковалентные (если они есть) и донорно-акцепторные связи, какие орбитали комплексообразователя (Fe)используются, как меняется электронная формула Fe не понятно. 

 

[chemister2010]

Вот вам формула гема:

https://ru.wikipedia.org/wiki/Гемоглобин

и как он связан. Две связи ковалентные с гемом, две координационные с гемом, еще есть координационная связь с гистидином белка и координационная связь с кислородом в оксигемоглобине.

[Леша гальваник]

5 минут назад, chemister2010 сказал:

Две связи ковалентные с гемом, две координационные с гемом

Не думаю, что так совсем правильно (иначе длина связи железо-азот была бы разной). Механизм образования связей - да, разный, но, имхо, все 4  - равноценные.

[yatcheh]

"Механизм образования связей" - это бред. Можно толковать о вкладе в связь ковалентной составляющей,  донорно-акцепторной, ионной, и т.п. - по факту. Это вопрос модели описания.  

А так-то они - да, неразличимые, падлы...

[Леша гальваник]

14 минут назад, yatcheh сказал:

"Механизм образования связей" - это бред.

Механизм образования связей это не бред. Это некая абстракция, описывающая как оттягиваются электрончики от атома к атому в момент образования этой самой связи - как вот из этого 2-валентного железа получить 4 связи/6 связей...

А "гибридные" связи таки да, будоражат умы умов уже давно... и, опять же, донорно-акцепторной связи нет - это механизм образования ковалентной (преимущественно) связи.

[yatcheh]

10 минут назад, Леша гальваник сказал:

Механизм образования связей это не бред. Это некая абстракция, описывающая как оттягиваются электрончики от атома к атому в момент образования этой самой связи - как вот из этого 2-валентного железа получить 4 связи/6 связей...

 

О механизме можно вести речь, если есть возможность хоть как-то обозначить этапы этого механизма. Я не встречал даже упоминаний об этом. О типе связи можно вести речь, если она одна. О вкладе типа связи можно вести речь, если она не одна. Скажем, в ионе (CH3)3NH+ четыре связи с азотом, три - одинаковых, а одна - не одинаковая. Но говорить о том, что N-H связь - "донорно-акцепторная", а C-N связи - "ковалентные" нельзя, ибо они, хоть и разные, но различаются только вкладом этой зарядовой донорно-акцепторной составляющей. И говорить о том, что N-H связь образуется по "донорно-акцепторному механизму" - это бред. Нет такого специального механизма. 

 

 

[Леша гальваник]

4 минуты назад, yatcheh сказал:

И говорить о том, что N-H связь образуется по "донорно-акцепторному механизму" - это бред. Нет такого специального механизма. 

Как же нет? Это условность, определяющая смещение электрона от атома к атому в момент образования связи.

Или что по-Вашему есть эта Ваша "донорно-акцепторная связь" - бред куда больший, чем "механизм образования"?

Изменено 29 Января, 2022 в 16:10 пользователем Леша гальваник

[yatcheh]

9 минут назад, Леша гальваник сказал:

Это условность, определяющая смещение электрона от атома к атому в момент образования связи.

 

И это всё, что можно сказать о "механизме образования связи".

 

10 минут назад, Леша гальваник сказал:

Или что по-Вашему есть эта Ваша "донорно-акцепторная связь" - бред куда больший, чем "механизм образования"?

 

"Донорно-акцепторная связь" - это не о механизме, а о распределении того самого электрона. Уже состоявшейся конфигурации. И от вкладе этой конфигурации в общее распределение электронов. 

 

[Леша гальваник]

15 минут назад, yatcheh сказал:

"Донорно-акцепторная связь" - это не о механизме, а о распределении того самого электрона. Уже состоявшейся конфигурации. И от вкладе этой конфигурации в общее распределение электронов. 

Дык это и есть механизм образования связи. Может только не для всех органиков - у вас-то свое понимание слова "механизм".

З.Ы. Повторюсь - типа связи "донорно-акцепторная" нет. Нет в принципе. Есть ионная, ковалентная, металлическая связь и водородная еще.

Изменено 29 Января, 2022 в 16:43 пользователем Леша гальваник

[yatcheh]

12 минут назад, Леша гальваник сказал:

З.Ы. Повторюсь - типа связи "донорно-акцепторная" нет. Нет в принципе. Есть ионная, ковалентная, металлическая связь и водородная еще.

 

Ну, ладно, назовём это "зарядовый вклад в ковалентную связь".

Ионной связи тоже нет - это связь, где ковалентный вклад не доминирующий, а главное взаимодействие - электростатическое. Металлической связи тоже нет - это делокализованная ковалентная связь с высоким вкладом ионной составляющей. Водородная связь - это комбинация электростатического взаимодействия и ковалентной связи с примесью обменной связи при делокализации протона, которую можно назвать "протонной связью", аналогичной "электронной связи", привычной для химика.

Да, "донорно-акцепторной" связи нет