Алкалоид - это МОЛЕКУЛА!
Они ничего не теряют, просто их становится меньше.
Кстати, кофеин тоже алкалоид.
Если в лекарственных травах нет нех самых алкалоидов, ради которых их заготавливают, то это уже не лекарственные травы, а просто старое сено.
Ядовитость зависит от ДОЗЫ, а не от наличия алкалоида.