Как будет действовать супрастин если в нем хлор заменить на фтор? Иод?

[ash111]

В 16.06.2025 в 00:56, Loiso Pondohva сказал:

Ну короче значится так.
На самом деле существует не некоторая "единая" система по которой все работают. А скорее несколько ветвей данного развития. 

В духе.
Мы узнали как устроены биомолекулы. И мы знаем лиганды природного происхождения.
А сварим-ка что-то похожее.
О! Сварилось. А давайте по-разному его модифицируем, чтобы понять закономерности.
О! Мы открыли механизмы и на какие рецепторы оно работает.
Теперь можно связывать структуру и рецептор.
О, а такие структуры западают именно в "такие" карманы характерные для определённых белков. Логично.

Итд. Вплоть до "О, у нас есть суперкомпьютеры. Можно смоделировать рецептор, нейросетями подобрать тысячи молекул-кандидатов на связывание и тестировать их"

В общем придумывают молекулы как по "наитию" и общим принципам, так и по точным расчётам.
Там и творчеству место есть и технарству. 
Я большинство источников читал на англе, но попробую сделать частично русскую подборку

1. Грааль, much have и база
https://vk.com/wall-93343283_335089 
Биологические основы 
Ферменты, биомолекулы, ксенобиотики. Не обязательно читать всё, просто можно открывать когда возникли непонятки с биологией. Или почитать об энзимах чисто, основных принципах метаболизма итд
https://elementy.ru/nauchno-populyarnaya_biblioteka/434464/Poverkhnost_molekuly_istochnik_biologicheskoy_informatsii
Это чисто почитать для общего образования, чтобы понять как молекула ведёт себя с рецептором.
https://uogqueensmcf.com/wp-content/uploads/2020/BA Modules//Pharmacy/Year II (semester 2)/Medicinal Chemistry I/Reference books/An Introduction to Medicinal Chemistry 5th ed - Graham L. Patrick (OUP, 2013).pdf
А вот это уже очень серьёзная и годная штука. Наверное эталонная в данной области. 
Разбор мишений, оптимизации лигандов и всё такое.

Наверное ещё можно почитать что-нибудь по чистой биохимии и methabolical pathways. Ну просто чтобы понимать какие группы и как куда обычно тело метаболизирует. Но тут и без меня найдёте, или в вышеуказанных книжках будет. 

2. Тут разбор чисто современных хемоинформатских обсчётных инструментов для дизайна молекул
https://arxiv.org/abs/1701.03978

Небольшой исторический экскурс как мы вообще приходили к современным драгам
https://sci-hub.se/https://doi.org/10.1002/9783527665211.ch1

https://vk.com/wall-107190233_3836
Тут опять же всяко-разное о хемоинформатике

А тут более подробное и последовательное от а до я, как формировалось представление о делании биоактивных молекул
https://www.researchgate.net/profile/Le-Anh-8/publication/280922815_Osnovy_dizajna_i_himii_lekarstv_i_ih_nanoform/links/55cb5c8608aebc967dfe0c0d/Osnovy-dizajna-i-himii-lekarstv-i-ih-nanoform.pdf

3. А вот по конкретным модификатам уже лучше гуглить отдельные review всякие
По галлогенам к примеру вот
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/jm3012068
Или вот
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2010/cp/b926326h
Гугл академией я думаю вы вполне уверенно владеете и скайхабом)
__
Выбирайте что хотите, этого уже хватит с головой)

СУПЕР, спасибо))

В 16.06.2025 в 01:05, Loiso Pondohva сказал:

@ash111Мне просто очень сложно выстраивать некоторую "образовательную программу"
Я же дёргал всё из разных источников и просто наслаивал это на некоторую базу. 

Но наверно стоит выстроить это так
Биохимия, структура биомолекул, зачем они нужны,итд. Чтобы вы просто понимали что именно там в тушке по умолчанию есть.

Потом ферменты, понятия о агонизме-антагонизме рецептору, некоторые формулки по теме (там не сильно сложнее, чем с классическим катализом. Всякие концентрации полу-ингибирования, константы связывания, афинности и прочая мутотень). Потом - метаболизм ксенобиотиков и основные его пути.
Потом - что это вообще даёт тушке. 
Потом общие принципы дизайна и основные мишени. 
А потом уже гуглить просто специфично уже по интересным вам штукам. 
Как лучше вписать молекулы в конкретный рецептор, как всякие дополнительные группы потенциально влияют на это дело, какие подводные камни.

Вообще в один момент (где-то к середине той большой книжки на англе, когда глаза начнут рябить от примеров всяких активных молекул), оно в голове скомпилируется в некоторое полу-интуитивное, полу-химическое понимание. И вы можете начать уже наугад, смотря на незнакомую молекулу делать "докинг" в голове, примерно угадывая на что и как она там влияет.

Ага, ага, ну вот это и хочется. Единствеенное что не знаю как вк тут воспользоваться, заблочено оно в у столыци свободы😄

[Loiso Pondohva]

В 16.06.2025 в 01:20, ash111 сказал:

Ага, ага, ну вот это и хочется. Единствеенное что не знаю как вк тут воспользоваться, заблочено оно в у столыци свободы😄

А, оно вообще на сайт не заходит? Потому что там же и без авторизации можно смотреть. Моментик

Хемоинформатский пост
_______
Книги для для изучения хемоинформатики, молекулярного моделирования и всего что с этим связано

 

#хемоинформатика #квантоваяхимия #новичку #статистика #математика #книги

 

Вчера в Болталке родилась идея написать пост о хороших книжках для начинающих в области. Как автор, я сам не приветствую пиратство, поэтому сами книги не буду выкладывать, если это не было сделано самими авторами. Но я думаю, вы сможете их найти в сторах или на иных сайтах.

 

Итак, мой сугубо личный взгляд на лучшие книжки, которые стоит почитать для изучения хемоинформатики, молекулярного моделирования и всего такого. Приведенный порядок книг есть моя субъективная оценка, с чего стоит начать новичку.

 

Вычислительная химия (книги обо всем)

 

1. Leach A.R. Molecular modelling: Principles and applications, 2001 - очень просто для новичков. Сразу обо всем в вычислительной химии: про хемоинформатику, и про молдинамику, и про квантовую химию. Не очень подробно, зато понятно.

 

Хемоинформатика

 

Область меняется быстро, поэтому самые последние достижения не отражены ни в одной книге. Книг с нормальным описанием structure-based drug design не знаю, к сожалению.

Учебники:
1. Andrew Leach, Val Gillet. An introduction to chemoinformatics, 2007 - лучшая книжка с чего начать, просто написано, неувядающая классика, хоть некоторые методы вышли из употребления, а некоторым нашлись замены. Но книга точно достойна того, чтоб с нее начать.
2. David Wild. Introducing Cheminformatics: An intensive self-study guide, 2018 - достаточно емко и по существу, только на Kindle, но я находил в интернете. Wild спец по алгоритмам и программист, поэтому акцент немного в эту сторону смещен. Но рекомендую потому, что разбита на отдельные уроки.
3. Тимур Маджидов, Игорь Баскин, Александр Варнек. "Введение в хемоинформатику" в 6 частях, 2013-2019 - единственная книга на русском, очень подробная. По этой причине не считаю, что удачный вариант для первого чтения, хоть и автор. Главу про нейронки игнорировать (переписывать буду). Бесплатно - forms.gle/sMkFA52aRy...
4. Johann Gasteiger, Thomas Engel. Chemoinformatics: A textbook, 2004 - первый полноценный учебник по хемоинформатике, много текста, главы написаны разными людьми поэтому какие-то лучше, какие-то хуже написаны. Устарела. Много текста.
5. Muthukumarasamy Karthikeyan, Renu Vyas. Practical Chemoinformatics, 2014 - более практический взгляд. В основном описание программ с объяснением.

 

Практики:
1. Tutorials in Chemoinformatics, 2017 - единственная известная мне нормальная книжка-сборник практик по хемоинформатике.
2. TeachOpenCADD - сборник тьюториалов на Jupyther по дизайну лекарств. Бесплатно - volkamerlab.org/projects/t...
3. (апдейт от @roma.online ) py4chemoinformatics - набор тьюториалов по хемоинформатике на Python. Бесплатно - github.com/joofio/py4...

 

Квантовая химия

 

В целом все книги примерно об одном. Но самые модные функционалы и методы выходят за пределы учебников и нигде не описаны.

 

Учебники:
1. Alan Hinchliffe. Modelling molecular structures, 2000 - мне очень нравится рекомендую новичкам. Идеальная книга по квантам для химика, начинается с объяснения математики (на всякий случай). И потом очень просто и понятно.
2. Владимир Цирельсон. Квантовая химия, 2010 - стал классикой в российских университетах. На мой взгляд, один из наиболее удачных учебников на русском. Написан в классической для России подаче материала, не скажу что это плюс. Но больше акцента на химии, чем на математике. Много акцента на электронную плотность и твердые тела.
3. Frank Jensen. Introduction to computational chemistry, 2007 - уже полноценный учебник для тех, кто не боится математики, со всеми объяснениями. Понятный и при этом очень полноценный, если осилили более примитивные книги.
4. Денис Тихонов. Теоретическая химия: внутри черного ящика, 2020 - книга на мой взгляд шикарная, очень полноценная, почти энциклопедичная (респект Deniska Tikhonov). Неплохая замена Йенсену (номер 3 в списке). На четвертом месте из-за того, что для новичка довольно сложная и из-за своеобразного стиля изложения, который не всем может понравиться (хотя некоторым, возможно, это даже интереснее). Бесплатно - disk.yandex.ru/d/2F-aChJE...
5. David Young. Computational chemistry: A Practical Guide for Applying Techniques to Real-World Problems - практический взгляд, краткое описание самых распространенных методов и рекомендации как и что считать. Очень коротко и по существу.
6. (апдейт от Deniska Tikhonov ) Christopher J. Cramer. Essentials of Computational Chemistry: Theories and Models, 2004 - в целом весьма полноценный ученик. Много полезного материала есть из того, что нет в вышеупомянутых книгах: про модели сольватации, гибридные QM/MM, адиабатические расчеты.
7. (апдейт от Игорь Гордий ) Szabo Ostlund. Modern quauntum chemistry, 1996 - легендарная, хоть и староватая книга. Основное преимущество относительно других - детальнейшая математика. Как считать интегралы и прочее. Для тех кто прямо имплементировать хочет квантовохимический код.

 

 

Практики:
1. Квантово-химические расчеты механизмов химических реакций, 2012. - про расчет механизмов в Gaussian. www.kstu.ru/servlet/co...
2. О.В. Сизова, А.И. Панин. Неэмпирические расчеты молекул, 2002. - про GAMESS
3. Г.И. Кобзев. Применение неэмпирических и полуэмпирических методов в квантово-химических расчетах, 2004. - как считать Хюккеля руками, юзать HyperChem и GAMESS. window.edu.ru/resource/2...

 

Молекулярная динамика

 

Тут я не спец и читал мало. Но многие книги по квантовой химии делают реверанс в эту сторону, например, книжка Йенсена, Тихонова и Хинчлиффе.

 

1. Alan Hinchliffe. Molecular Modelling for Beginners, 2003 - очень простая и понятная книжка, включает молмеханику и молдинамику, а также квантовую химию.
2. (апдейт от Владимир Рыбкин ). Френкель Даан, Смит Беренд. Принципы компьютерного моделирования молекулярных систем (англоязычная версия: Understanding Molecular Simulation, Frenkel & Smit) - классика по классическим МД и Монте Карло. Хороший баланс строгости и понятности. Ab initio совсем не затрагивается.
3. (апдейт от Айгуль Хакимова ). Justin Lemkul. From Proteins to Perturbed Hamiltonians: A Suite of Tutorials for the GROMACS-2018 Molecular Simulation Package - тьюториалы по GROMACS. Книга: www.livecomsjournal.org/article/50... ; сами тьюториалы: github.com/jalemkul/g...

 

Предлагаю посоветовать хорошие и не очень старые книжки в комментах (обновлю пост). Мне как-то не повезло найти то, что я хочу, где и про техники расскажут и про статистическую термодинамику.

 

Хемометрика

 

знаю только одну толковую книгу:
1. Richard G. Brereton. Chemometrics, 2017 - вроде есть много всего
2. Неплохую подборку пособий и учебников по хемометрике можно найти тут: www.prometeus.nsc.ru/archives/e...

 

Машинное и глубокое обучение

 

1. Wei-Meng Lee. Python Machine Learning, 2019. - просто и с кодом на Python
2. Игорь Баскин, Тимур Маджидов, Александр Варнек. "Введение в хемоинформатику", часть 4 - глава из серии пособий специально по вопросам машинного обучения. Старались писать просто, поэтому математику уменьшали как могли (что скорее недостаток, я такое не люблю, но не писать же второго Бишопа). Главу про нейронки игнорировать (переписывать буду). Бесплатно - forms.gle/sMkFA52aRy...
3. С. Николенко, А. Кадурин, Е. Архангельская. Глубокое обучение: погружение в мир нейронных сетей, 2018 - а вот отсюда можно взять про нейронки.
4. Prateek Joshi. Искусственный интеллект с примерами на Python, 2019. - переводная книжка, очень неплоха, особенно тем, что есть примеры на Python.
5. Christopher M. Bishop. Pattern Recognition and Machine Learning, 2006 - крутая, но очень сложная книга с кучей математики. Сложность быстро растет. Просто Ландау-Лившиц в машинном обучении

 

Математика
1. John Straub. Mathematical Methods for Molecular Science, 2020 - замечательная книга для тех, кому нужно вспомнить или получить математику, которую надо знать химику. Бесплатно -
sites.bu.edu/straub/mat...
2. Marc Peter Deisenroth, A. Aldo Faisal, Cheng Soon Ong. Mathematics for Machine Learning, 2020 - описание математики, которая вам понадобится для машинного обучения. Уже так, немножко зубодробительно.

 

Дизайн лекарств

1. Camille Wermuth. The Practice of Medicinal Chemistry, 2008. - совсем не учебник, но много полезного.
2. Х.Д.Хёльтье, В. Зиппль, Д. Роньян, Г. Фолькерс. Молекулярное моделирование: теория и практика, 2010 - вроде неплохая книжка, многим нравится. Но когда я был новичком, мне совсем не понравилась.

 

P.S. дополнение от Сергей Смольников

 

Медицинская химия

Здесь собраны учебники, которые, после прочтения, создадут у читателя комплексное понимание целей, задач и методов медицинской химии.

- Graham L Patrick - An introduction to medicinal chemistry-Oxford University Press (2013). Прекрасный учебник для вхождения в предмет медицинской химии и драгдизайна, написан простым и понятным языком, охвачены все основные понятия и концепции. Basic level.
- Camille Georges Wermuth, David Aldous, Pierre Raboisson, Didier Rognan - The Practice of Medicinal Chemistry-Academic Press (2015). Учебник для intermediate уровня. Очень хорошо описаны стратегии оптимизации, методы и кейсы.
- Davis, Andrew M._ Ward, Simon Edward - The handbook of medicinal chemistry _ principles and practice-Royal Society of Chemistry (2015). Эта книга позволит разобраться не только в том, как устроена медхимия, но у читателя сложится полное понимание пайплайна разработки лекарства на каждом из этапов. Intermediate.

Comprehensive Medicinal Chemistry:

-Samuel Chackalamannil, David Rotella, Simon Ward - Comprehensive Medicinal Chemistry III (2017, Elsevier). Монументальный труд по медхимии, включающий в себя не только общие концепции и понятия, но и огромное количество кейсов. Advanced.
John B. Taylor and David J. Triggle, - Comprehensive Medicinal Chemistry II (2006)

-Jie Jack Li - Medicinal Chemistry for practitioners (2020). Самая новая книга в списке, наглядная и понятная. Обилие кейсов под каждый из тезисов.
Debarshi Kar Mahapatra, Sanjay Kumar Bharti - Handbook of Research on Medicinal Chemistry_ Innovations and Methodologies-Apple Academic Press (2016)

 

Предлагаю делиться в комментариях своими предложениями новичкам, вставлю в пост.
_________
Первый учебник из моей подборки, которые по основы биологии.
https://psv4.userapi.com/s/v1/d/cxKiD0wFuxW6hZy1ouFMJleO80fiRCgbHbSoZnHCKCJn3TGnamzt54kUc0P3cuytmmTYu5543qLrnpaQP2kzshAmI_44y0EPFAqkngmqOkeaAVVF/Kovalenko_L_V_Biokhimicheskie_osnovy_khimii_biologicheski_aktivnykh_veschestv_2020.pdf
 

Изменено 16 Июня, 2025 в 00:00 пользователем Loiso Pondohva

[Loiso Pondohva]

В 16.06.2025 в 01:20, ash111 сказал:

СУПЕР, спасибо))

Ага, ага, ну вот это и хочется. Единствеенное что не знаю как вк тут воспользоваться, заблочено оно в у столыци свободы😄

Если что-то гуглите, а книжка не гуглится (и ссылки нет) - всегда можно поискать через filetype:pdf 
Иногда тут ещё пиратится
https://ru.pdfdrive.com/
https://www.pdfdrivesearch.com/
Или тут
https://archive.org/details/texts
Или тут
https://arxiv.org/
Тут полезное сборище всякого разного и по меду, и по биохимии и человеку, всё качается вроде
А, там ссылки порезали. Правообладатели сволочи. Но по названиям всё ещё можно ориентироваться. + У них канал в ТГ есть с частью книг.
https://meduniver.com/Medical/Book/50.html#google_vignette
Ну и совсееем на крайняк что-то ищется здесь и тут
https://ru.scribd.com/ + https://docdownloader.com/
(работают в связке)

https://studfile.net/
 

Изменено 15 Июня, 2025 в 23:55 пользователем Loiso Pondohva

[Loiso Pondohva]

В 16.06.2025 в 01:20, ash111 сказал:

СУПЕР, спасибо))

Пожалуйста)
Я тут пока перебирал свои запасы и библиотеки, сам внезапно захотел почитать побольше хД
Удачи в работе, привет америкосам)
/или вы под оплотом свободы подразумевали Амсетрдам?)

[ash111]

В 16.06.2025 в 02:59, Loiso Pondohva сказал:

Пожалуйста)
Я тут пока перебирал свои запасы и библиотеки, сам внезапно захотел почитать побольше хД
Удачи в работе, привет америкосам)
/или вы под оплотом свободы подразумевали Амсетрдам?)

Нi, столиця свободы зовсiм не там, тiльки про це не усiм росповiдано)))

а так то вон в каждой маршрутке это четко написано😄

[Loiso Pondohva]

В 16.06.2025 в 02:14, ash111 сказал:

Нi, столиця свободы зовсiм не там, тiльки про це не усiм росповiдано)))

а так то вон в каждой маршрутке это четко написано😄

Ааааа
Розумію, розумію

В мого кота психічне порушення
Але у мене теж психічне порушення. У мене голова болить.(Простите, не знаю почему вспомнил этот баян)
//А как говорил Садам Хусейн (возможно прямая цитата на языке предков)
Демократія - це влада людей, від людей, для людей. Тільки люди...ретардовані

Изменено 16 Июня, 2025 в 00:27 пользователем Loiso Pondohva

[Loiso Pondohva]

___
Я ещё и 2 мема в один смешал...Точно пора спать
 

[BritishPetroleum]

В 16.06.2025 в 04:14, ash111 сказал:

Нi, столиця свободы зовсiм не там, тiльки про це не усiм росповiдано)))

Мне интерексно знаете что. Если упоротых укромовных патриотов украины накачать атропином или скополамином(или просто экстрактом беладонны например), они перейдут на родной русский или будут продолжать упорствовать в своей шизомагии?

Вы не можете как нибудь это проверить, на жертвах телемарафона🤣

Изменено 16 Июня, 2025 в 08:29 пользователем BritishPetroleum

[BritishPetroleum]

Курс: неделя, дозировка до дилирия, очень интересны результаты

[Loiso Pondohva]

В 16.06.2025 в 10:18, BritishPetroleum сказал:

Мне интерексно знаете что. Если упоротых укромовных патриотов украины накачать атропином или скополамином(или просто экстрактом беладонны например), они перейдут на родной русский или будут продолжать упорствовать в своей шизомагии?

Вы не можете как нибудь это проверить, на жертвах телемарафона🤣

Тарена, дайте господам тарена!
Да с циклодольчиком)
___
Я бы кстати много отдал за получение пары грамм BZ себе в коллекцию. Такое элегантное вещество...

Изменено 16 Июня, 2025 в 11:28 пользователем Loiso Pondohva