В первой молекуле циклопропен находится в виде циклопропенил-катиона, а циклопентадиен - в виде циклопентадиенил-аниона. Это небензоидная ароматическая структура, аналогичная, скажем, азулену. Отсюда и высокая полярность.
Вторая молекула лишена возможности образовать такую структуру, и представляет собой обычный углеводород.