Программы для моделирования молекулярных поверхностей.

[Wittig]

Существуют ли программные комплексы для моделирования и изучения 3D поверхностей и их взаимодействия.

Допустим существует некая молекула лиганд и к ней хочется подобрать акцепторную часть, при этом чисто абстрактную без детализацией до конкретных атомов. Найти такую структуру - поверхность, которая будет как система антиген - антитело жестко связывать молекулу в комплекс.

И потом такую сгенерированную поверхность уже скажем разрешить в конкретных атомах, молекулах, например в структурных мотивах белка или в какой-то неорганической наноструктуре?

 

[Paul_S]

Странная у вас какая-то задача. Вообще-то молекула-лиганд образует комплекс не с какой-то поверхностью, а с ионами металлов, которые подвижны. Если молекула - полидентатный лиганд сложной формы, то структура образующегося комплекса определяется именно структурой лиганда.

[St2Ra3nn8ik]

О чём-то похожем я читал несколько месяцев назад, но где - не припомню. Там, правда, моделировали антитела в натуре, но из других соединений...

[Arkadiy]

22.08.2021 в 21:24, Wittig сказал:

Существуют ли программные комплексы для моделирования и изучения 3D поверхностей и их взаимодействия.

Допустим существует некая молекула лиганд и к ней хочется подобрать акцепторную часть, при этом чисто абстрактную без детализацией до конкретных атомов. Найти такую структуру - поверхность, которая будет как система антиген - антитело жестко связывать молекулу в комплекс.

И потом такую сгенерированную поверхность уже скажем разрешить в конкретных атомах, молекулах, например в структурных мотивах белка или в какой-то неорганической наноструктуре?

 

А ХИМИЮ подучить не пробовали, а заодно биохимию!

Если знаете структуру и строение рецепторов, то ничего не стоит нарисовать структуру соединения, которое  будет с ним взаимодействовать, адсорбироваться на рецепторе!

Тут дело не в поверхности, а в свойствах функциональных групп,  расстояниями между ними, их способности образовывать полярные и водородные связи!

Комплексные соединения моя боль! Созданные мною структуры сверхпрочных высокоинтенсивных металлокомплексных красителей оказались никому не нужны!

[Wittig]

19 часов назад, Arkadiy сказал:

А ХИМИЮ подучить не пробовали, а заодно биохимию!

Признателен Вам за развернутый ответ.

Химию с удовольствием подучу. Могли бы дать рекомендации из литературы по этой тематике?

 

 

19 часов назад, Arkadiy сказал:

Если знаете структуру и строение рецепторов, то ничего не стоит нарисовать структуру соединения, которое  будет с ним взаимодействовать, адсорбироваться на рецепторе!

Тут дело не в поверхности, а в свойствах функциональных групп,  расстояниями между ними, их способности образовывать полярные и водородные связи!

Если речь о не очень большой молекуле, то наверное здесь достаточно немного понимать конформационный анализ, чтобы представлять молекулу в ее наиболее вероятной конформации - посчитать расстояния между функциональными группами и нарисовать "ответную" молекулу с "противоположными" функциональными группами, чтобы образовались водородные связи - вы это имели в виду?

 

19 часов назад, Arkadiy сказал:

Комплексные соединения моя боль! Созданные мною структуры сверхпрочных высокоинтенсивных металлокомплексных красителей оказались никому не нужны!

Это вы как раз подбирали структуру молекулы исходя из того, чтобы у нее как можно больше образовывалось полярных и водородных связей с субстратом?

Почему не нужны? Какое у них преимущество перед другими типами красителей и в какой отрасли их целесообразней применять?

 

 

[Wittig]

23.08.2021 в 22:23, St2Ra3nn8ik сказал:

О чём-то похожем я читал несколько месяцев назад, но где - не припомню. Там, правда, моделировали антитела в натуре, но из других соединений...

Интересно! Антитела не из белков или там аминокислоты неклассические были?

[Wittig]

22.08.2021 в 23:06, Paul_S сказал:

Странная у вас какая-то задача. Вообще-то молекула-лиганд образует комплекс не с какой-то поверхностью, а с ионами металлов, которые подвижны. Если молекула - полидентатный лиганд сложной формы, то структура образующегося комплекса определяется именно структурой лиганда.

Под поверхностью я подразумевал распределение электронной плотности, и соответственно, частичных зарядов по всему объему молекулы, допустим для примера, - белка в 200 Килодальтон. Однако, в конкретном описанном случае, это не обязательно должен быть белок. Просто нечто абстрактное что-то, что имеет распределенную в своем объеме электронную плотность, под которую можно попробовать уже просчитать реализацию в конкретных атомах.

[Arkadiy]

2 часа назад, Wittig сказал:

Признателен Вам за развернутый ответ.

Химию с удовольствием подучу. Могли бы дать рекомендации из литературы по этой тематике?

 

 

Если речь о не очень большой молекуле, то наверное здесь достаточно немного понимать конформационный анализ, чтобы представлять молекулу в ее наиболее вероятной конформации - посчитать расстояния между функциональными группами и нарисовать "ответную" молекулу с "противоположными" функциональными группами, чтобы образовались водородные связи - вы это имели в виду?

 

Это вы как раз подбирали структуру молекулы исходя из того, чтобы у нее как можно больше образовывалось полярных и водородных связей с субстратом?

Почему не нужны? Какое у них преимущество перед другими типами красителей и в какой отрасли их целесообразней применять?

 

 

Существует множество програм, позволяющих рассчитать конформацию молекулы. Я пользуюсь подобными программа с 1993 года - тогда на работе появился первый компьютер. Программа работала под DOS. Называлась Alchemy. С тех пор  я использовал  для этих целей еще несколько программ.

 

Преимущество моих красителей - высокая светостойкость, высокая термостойкость, совместимость красителей разных цветов, что позволяет триадным смешением основных СМYK цветов получить любые оттенки . К тому же моя технология позволяет менять физико-химические свойства красителей в широких пределах.

Применение -лакокраска, окраска полимеров в массе,  чернила на органической основе для широкоформатной печати

[St2Ra3nn8ik]

21 час назад, Wittig сказал:

Интересно! Антитела не из белков или там аминокислоты неклассические были?

Не из белков, но там как-то делали, используя оригинальные антитела в качестве шаблона. Точнее не вспомню и к сожалению не припомню, где читал статью (может и удастся вспомнить, но не уверен).

[chemister2010]

Такие программы используются в системах распределенных вычислений структур лекарств.